重大突发公共卫生事件的爆发往往导致社会经济的巨大损失。随着我国经济社会的快速发展、贸易间经济与人员流动频繁,加之医疗卫生保障服务存在行政区域限制及医疗物资供应链系统覆盖存在区域局限性,应对H7N9禽流感、新冠肺炎等重大突发公共卫生事件急需医疗物资供应链间的应急协作,以提升跨区域重大突发公共卫生事件的响应能力和治理成效;同时,在实际重大突发公共卫生事件的响应和应对过程中,由于疫情规模及其风险的差异性,使得各区域间的医疗物资储备与应急需求存在一定的失衡和不匹配,进而影响应急医疗物资供应链的系统稳定性及所在区域的社会福利。为此,本文针对区域间存在供需失衡医疗物资供应链的应急协作问题,以面向不同疫情规模的两条医疗物资供应链组成的跨区域应急协作系统为分析对象,考虑有无政府补贴以及医疗物资输出供应链是否存在医疗物资结余等情形,以考虑地区民众的医疗物资获得感和各区域供应链经济利益的社会福利最大化为决策目标,采用博弈论、优化理论对跨区域应急协作决策优化展开研究,主要包括:（1）医疗物资输出供应链存在物资盈余的跨区域应急协作研究。考虑无政府补贴及医疗物资输出供应链存在物资盈余的情形,以跨区域供应链间物资调拨量为决策变量,以兼顾民众获得感与供应链应急协作经济收益的社会福利最大化为决策目标,构建需求链主导的决策、输出链主导的决策和共同决策情形下医疗物资供应链跨区域应急协作模型,通过相关参数敏感性分析得出结论:共同决策下社会福利最大,需求不确定性越高,其系统稳定性越低。（2）无物资盈余的跨区域应急协作研究。考虑无政府补贴及医疗物资输出供应链无物资盈余的情形,拓展决策变量为各区域医疗物资供应链储备量与物资调拨量,进一步考虑缺货损失和民众恐慌改进社会福利目标函数,继而针对集中决策、需求链主导的分散决策、输出链主导的分散决策三种情形,应用博弈论构建跨区域医疗物资供应链应急协作模型,通过相关参数敏感性分析得出结论:集中决策下社会福利大于分散决策,需求不确定性越高,跨区域应急协作调拨量越多,其系统稳定性越低。（3）政府补贴下区域间供需失衡的医疗物资供应链应急协作研究。在医疗物资输出供应链无物资盈余的跨区域应急协作研究基础上,拓展考虑政府对医疗物资输出供应链的医疗物资成本进行补贴情形,以政府价格补贴及总社会福利最大化为上层决策模型,以考虑政府补贴的跨区域医疗物资供应链应急协作的不同决策情形为下层决策模型,基于二层规划和博弈论构建政府补贴、储备量与物资调拨量的决策优化模型,通过相关参数敏感性分析得出结论:集中决策下系统视角和政府视角社会福利大于分散决策,并且政府补贴对输出供应链和需求供应链系统间的调拨具有积极的促进作用。