随着市场经济的不断发展，越来越多的企业重视内部控制制度的建设与实施。一个国家甚至一个民族,它的败落基本上都是从企业的内部活动开始的,其衰亡前的最后环节不是企业的外部活动起作用而真正是企业赖以生存的内部活动的作用，这表明了企业的内部控制具有多么重要的作用。对上市公司来说内部控制质量好坏严重影响了公司的经营发展，若企业内部控制制度健全完善并得到了有效执行，那么企业财务信息的可依赖程度也会提高,减少外部审计机构对的审计工作量，使企业更容易被出具标准无保留的审计意见。本文笔者通过查阅研究各类文献资料，结合风险传导效应理论，从按照不同标准进行分类的财务报告内部控制缺陷入手，研究其对注册会计师发表财务报表审计意见类型的影响。本文通过一些基础理论的分析展开，对企业内部控制缺陷进行3种分类，分别为按其与财务报告的相关程度分类、按内部控制五要素分类和按其对内部控制的影响程度分类，进而对审计意见的相关概念进行介绍，并对内部控制缺陷对审计意见的影响关系进行一定意义上的理论的分析。之后采用回归分析法对内部控制缺陷对审计意见的影响进行了实证研究，本文以2012年深圳证券交易所主板上市公司和上海证券交易所上市公司为样本，通过锐思数据库和笔者手工收集相关必要数据，为研究财务报告内部控制缺陷与审计意见类型之间是否具有相关性。结果发现：财务报告内部控制缺陷严重程度和内部环境类控制缺陷、风险评估类控制缺陷、控制活动类控制缺陷以及信息与沟通类控制缺陷与财务报表审计意见呈正相关关系。本文的研究为我国上市公司管理企业内部控制、建立内部控制制度、监控内部控制执行程度、提高企业内部控制效率提供了一些实证证据，也可以使会计师事务所通过实证证据清楚的意识到我国上市公司内部控制方面存在的缺陷内容，使其在审计工作中有的放矢、游刃有余，从而为注册会计师提高工作效率、降低审计风险提供了理论借鉴。研究创新之处在于解释变量的选取方面：以往在研究内部控制缺陷对审计意见的影响时，选取的解释变量大多是按内部控制缺陷内容的不同分类为切入点，而本文则同时以内部控制缺陷的严重程度及其内容为切入点，通过选取指标衡量内部控制缺陷来研究其对财务报表审计意见的影响。另外，《企业内部控制配套指引》规定，上交所、深交所主板上市公司自2012年1月1日起施行，披露内部控制自我评价报告，同时应当出具审计报告，制度的强制实施使本文的研究数据较以前年度更加充分。