“维持正常构象假说”从理论上预言：两性离子分子结构由于不会改变与之接触的蛋白质分子的正常构象从而应该具有较好的抗凝血性能。以这一假说为指导合成出的一系列表面接枝两性离子生物材料也已经为实验所证实具有优良的抗凝血性能。近年来，我们在“维持正常构象假说”的基础上，又更加具体和广义地提出了“维持自然状态说”，使这一学说得到了进一步的发展。但是，“维持自然状态说”是否正确，还需从两性离子与蛋白质分子相互作用的分子层次的机制上给出更多的证明。分子动力学模拟使用半经验力场，是从理论上研究复杂分子体系的最直接方法之一，特别适合用来模拟蛋白质与材料的相互作用。由于受到计算资源的限制，模拟整个蛋白质分子目前尚不可行。由于本课题组研究的是生物材料的抗凝血机理，所以选择了血液中的蛋白质一凝血因子XII(FXII)九肽片段作为研究对象。除了两性离子材料表面之外，还模拟了其他两种典型的材料表面(亲水性表面、疏水性表面)与凝血因子九肽片段的相互作用，同时，不受任何材料表面影响的单个凝血因子XII九肽片段分子处于水环境中的情形被假定为正常构象的情况进行了模拟。目的在于从分子水平上提供凝血因子XII九肽片段与不同材料表面相互作用的细节，从其分子构象的改变和能量的变化情况比较不同的材料表面对凝血因子XII九肽片段分子构象造成的影响。使用分子动力学模拟软件NAMD对上述四个体系进行的5ns的分子动力学模拟的结果显示，两性离子的材料表面对凝血因子XII的自然状态的维持程度最好，而对其自然状态影响较大的材料表面也正是实验已证明的抗凝血性能较差的材料。尽管完全验证“维持自然状态说”还必须对更复杂的蛋白质分子进行模拟，但本课题的工作仍然为其提供了一个有力的佐证。