数字环境下,清晰的著作权流转与归属是保证各主体相应利益的必要前提,其中著作权转让及许可是体现著作权流转与归属的重要环节之一,相应协议的规范与完善直接影响到科技期刊的传播与发展。现有科技期刊已经突破原有传统出版模式,发生了较大变革:以免费获取为主的开放存取出版模式被逐渐认可,不少科技期刊出版社纷纷采取过渡性出版模式,在维持传统出版模式的同时适当的借鉴开放存取理念出版期刊。新型出版模式下,期刊的访问机制也由传统的付费形式转为免费获取,相应地,期刊论文的著作权流转与归属也出现了变化,原有的期刊社严格控制著作权的情况逐步向由作者保留转变,这一形式在促进学术资源流通与传播的同时使得用户获取与利用期刊论文更有保障。为此,期刊论文著作权转让及许可协议也在内容上进行了调整,体现出了开放存取运动所提倡的共享著作权等理念。　　 本文访问并调查了我国300余家科技期刊社,获取著作权转让及许可协议94份、稿约及约稿启事共计203份,对期刊论文著作权的流转方式、归属、著作权转让及许可的类型及其中的问题进行了具体的统计与分析。深入调查我国科技期刊论文的著作权转让及许可协议后发现,科技期刊制定并于作者签署著作权转人及许可协议的比例仅为51％,协议从形式到内容都有较明显的瑕疵与漏洞,在条款设置与内容表述上均有不同程度的失误,僭越了合同法、著作权法等相关规定,过于严苛的条款不仅限制了作者与用户应有的使用权利,且忽略期刊在发展的实际需求。　　 本文立足于科技期刊的传统出版、开放存取出版、混合出版三种出版模式及各自的访问与许可机制特点,对我国当前论文著作权的流转与归属进行了总结,并提炼了影响我国科技论文著作权转让及许可协议的几个影响因素,结合当前不同科技期刊出版模式下著作权流转与归属的不同特点,对如何完善我国科技期刊论文著作权转让及许可协议提出了几点认识。在此基础上归纳了三种类型的科技期刊论文转让及许可协议,并对如何设置协议条款、完善协议内容进行了说明,最后给出了几种不同类型协议的示例,以供参考。