农民专业合作社作为农村主要经济体,它通过在商业活动中充当合作社内部成员与市场资本交易的中介这一角色,为成员交易提供便利,使其利益得到增加,推动整个社团的经济发展,从而能够达到整合农村资源而不破坏现有产权的形式来实现推动农村经济发展这一目的的。在我国农民专业合作社成立之初,由于立法的滞后性,当时还未制定、颁布相关正式的合作社法律规范,产生了“先建社,后立法”的怪相,导致很多合作社出现治理结构不规范的法律问题。成员大会、理事会、监事会三会运行机制不健全,违背了合作社为成员谋利益,促进农业及农村发展的设立初衷,也极大地影响了合作社的进一步发展。即使是2006年颁布施行了《农民专业合作社法》同时在2017年对该法进行了一些内容上的修订,但其对于法人治理结构的规定仍显得太过笼统,结合我国当前农村经济基础较差、人员文化素质水平相对不高的现状,并不具备太强的可操作性,合作社治理结构现存法律问题亟待解决。基于此,笔者会从全方位的角度出发去研究和剖析这一现存难题。本文通过对身边农民专业合作社的发展实例做一个简要的调查研究,发现它们法人治理结构的一些问题,结合理论上的共性问题来展开分析。除导论外,主要包括法人治理结构的理论争议、农民专业合作社治理结构之法律路径和农民专业合作社法人治理结构之法律实现这三方面。首先,论文对农民专业合作社的法人治理结构做了一个简要的阐释。在介绍了农民专业合作社法人治理结构的基本模式之后,通过与公司法人治理结构的比较分析充分论证了合作社采取法人治理结构的必要性以及制度合理性。其次,论文对我国农民专业合作社社法人治理结构进行了实证分析。通过个例调查以及基础理论如产权理论、三权分离理论、委托代理理论的分析,对我国农民专业合作社法人治理结构现状及问题进行了实证研究,发现了我国农民专业合作社目前存在的一些问题,如产权制度存在缺陷,民主管理流于形式,成员异质性明显,资本不足,股权集中,受干预现象突出,监督机制和财务管理不规范、对经营者的激励与约束机制不健全等。这既有农民专业合作社内部原因,更有法律环境、市场环境、管理体制、政策因素等外部环境影响。最后,论文对我国农民专业合作社法人治理结构的完善进行了探讨。完善我国农民专业合作社法人治理结构的法律实现是解决社员民主管理与经营管理层把持经营权的冲突,构建适宜社员民主管理的治理结构,赋予合作社更多的意思自治空间,健全管理层的激励机制和约束机制。因此,根据我国农民专业合作社的立法现状和实践,完善法人治理结构的主要建议可以归纳为:完善产权及股权结构制度,完善资本结构,完善内部治理机构设置制度,法人独立之意思表示,塑造法人经营能力,规范政府、金融机构行为,完善投票表决机制,健全激励机制及监督机制等。