基因资源的获取、利用及其利益分享是农业科技、生物多样性发展和经济开发的重要问题。1961年法、德等欧洲六国在巴黎共同签署的《国际植物新品种保护公约》中提出的植物新品种权制度视乎为基因资源利用和发展提供了制度支撑,其以私权的形式保障了发达国家利用现代生物技术培育植物新品种的育种人利益,也就是强调了基因资源的个体开发和增值价值。随着全球经济技术一体化进程的加快,利益格局进一步分化,特别是当前面临资源、环境及人类健康等挑战性问题更加普遍与突出,基因资源主权及产权问题日益成为当前国际多角度关注的热点。转基因作物作为一种利用组织培养技术的基因重组技术引入其它生物或物种的基因而培育出来的基因改育作物或基因重组作物获得了快速发展,同时也对我们的农业生产、生活产生了重要作用,更是成为了生物多样性的重要方面。转基因作物是一种以基因资源为基础,通过基因重组技术来改良和培育,注入了个体价值,理应获得知识产权保护。但是,基因产权作为原产国国家的资源主权权利,特别是以传统方式保存并发现其品种价值的社区和农民的产权权益,在既有的制度体系中未能得到体现。当前很多学者也关注到这个问题,但其研究仍呈片段化,未能从法律角度对资源利用权配置进行系统研究,特别是基因资源与知识产权保护双向度互动发展尚未涉足。知识产权是知识财产私有的权利形式,是一种基于个体的权利生成,面对权利客体的多样性创新,特别是转基因作物基因资源集合了自然公共属性和个体价值属性,理应会对知识产权保护进路形成突破。本文以转基因作物基因资源为基点,综合法学、经济学、社会学、生物学等多学科视角深入探析我国转基因作物基因资源中所面临的知识产权保护问题,以利益视角对转基因作物基因资源过程中所涉及的利益相关体进行分析,力求发现转基因作物基因资源利用过程中在知识产权方面所产生的基本法律问题,以利益平衡理论、可持续发展理论、农民权益保护理论等为基础,通过对基因资源利用权进行法律配置,达到基因资源利用中私利和公益的现实平衡,并以此为基础构建兼容国际和本土特色的制度体系,提出了我国转基因作物基因资源利用中知识产权保护的宏观和具体立法建议,从而促进我国转基因作物基因资源利用的健康发展。通过研究,本文主要观点包括：第一,我国当前专利权和植物新品种权制度对转基因作物给予了一定法律基础保护,但对基因资源的自然公共属性关注不够,特别是农民权的实现载体问题；第二,转基因作物基因资源的知识产权保护既要遵循利益平衡原则、实质公平原则、鼓励创新原则,又要坚持防止滥用原则和国际合作原则,在防范与合作中寻求和谐发展；第三,立法选择方面应结合我国法律实际和外部环境,不宜由品种权保护的专门法模式直接过渡到专利法的模式,可探讨建立基因资源法保护模式；第四,在进行转基因作物基因资源权属登记的基础上,应当进行基因资源保护和利用的制度建设,包括事先知情同意制度、惠益分享制度、社区共管制度、生态补偿制度、权利救济制度等；第五,以农民权为基础和框架构建的基因资源权应注入社区发展权的公共性理念,通过社区共享性制度系统促进转基因作物基因资源与知识产权保护的双向度互动式发展进路。本文的研究虽然从多视角触及到了转基因作物基因资源的知识产权保护问题的内涵、核心及其关联体系,但还仅仅是理论上的分析和论证,还只是一个新的起点,仍有诸多理论和实践方面的问题有待进一步研究和探讨。特别要注意的是,转基因作物基因资源作为特定的公共性产品,既是促进主体发展的现实需要,又是生物多样性的必然要求。对于转基因作物基因资源的知识产权保护不应仅仅局限于传统私法范畴,还应从社会整体利益角度考究,搭建一种公共性的保护与利用相结合的法律路径,从而真正实现权利主体与客体有机结合的和谐发展。