应用新一代测序技术研究中国人群遗传性视网膜变性的致病基因

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目的:遗传性视网膜变性(Inherited retinal dystrophy,IRD)是一类由于基因突变引起的视网膜退行性疾病,是导致中青年不可逆盲的主要原因之一,其发病率约为1/3000至1/4000。由于IRD具有显著的临床异质性和遗传异质性,IRD患者致病基因的鉴定一直是领域内重点和难点之一。根据其临床表型的特点,遗传性视网膜变性可以分为两大类,非综合征性 IRD和综合征性 IRD,两大类又分别包括了数十种亚型。按照遗传方式可将 IRD分为常染色体隐性遗传,常染色体显性遗传和 X染色体连锁遗传。新一代测序技术的出现和发展,显著地提升了遗传性视网膜变性的基因检测效率和检出率。其中,目标区域捕获测序对于检测已知致病基因具有最高的性价比,是目前使用最广泛的检测手段。在本课题中,我们利用目标区域捕获测序技术,对中国人群 IRD患者进行基因筛查,探究中国IRD人群的突变频谱,并进行基因型-表型的关联分析研究。  方法:共收集179例遗传性视网膜变性家系,并对先证者进行了全面的眼科检查,抽取患者及部分家属的的外周静脉血进行基因组DNA提取。我们设计了一种包含252个候选致病基因的捕获芯片,并对所有的先证者进行了目标区域捕获测序。再经过生物信息学分析、Sanger测序验证、家系共分离验证和综合性的变异致病性分析,以发现患者的致病基因。  结果:在其中99个家系里面发现了致病的基因突变(检出率55.3%,99/179)。我们总共发现了124个不同的基因突变,其中79个突变为本研究首次报道。在这79个首次报道的突变里面,有42个突变(53.2%)的类型为无义突变、移码突变或者剪切位点突变,导致蛋白质结构功能的严重异常。本研究中纳入的总共179个遗传性视网膜变性家系中,按照家系特征分类,包括了127个散发病例(71%),34个常染色体隐性遗传家系(19%),12个常染色体显性遗传家系(7%)以及6个X染色体连锁遗传家系(3%)。统计结果显示,散发病例的基因突变检出率为50%(63/127),常染色体隐性遗传家系的基因突变检出率为71%(24/34),常染色体显性遗传家系的基因突变检出率为67%(8/12),X染色体连锁遗传家系的基因突变检出率为67%(4/6),汇总后整体的基因突变检出率为55%(99/179)。其中,有26个家系为近亲结婚家系,其基因突变检出率为73%(19/26)。  结论:利用目标区域捕获测序技术对179个遗传性视网膜变性家系进行了基因筛查,最终明确了其中99个家系的致病基因,检出率达到55%。我们总共发现了124个不同的基因突变,其中79个突变为本研究首次报道。我们的研究结果初步描述了中国人群遗传性视网膜变性的基因突变频谱,对于遗传性视网膜变性患者的遗传咨询、精确诊断以及个性化干细胞/基因治疗提供了重要的科学参考依据。
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