湿地拥有很高的生物多样性,是最具经济价值的生态系统之一。在全球生物多样性持续丧失的背景下,湿地生态系统结构和功能遭到严重破坏。生物入侵是造成生物多样性丧失的主要原因之一,会造成本地种的分布范围减小,从而引起种群衰退。遗传多样性是生物多样性的基础,生物多样性保护最重要的是保护其遗传多样性,对遭到破坏的湿地进行保护与种群恢复需要遗传学知识指导。本文研究对象为中国特有的湿地植物海三棱藨草,主要分布于从长江口到杭州湾之间的沿海滩涂,近年来随着互花米草入侵危害的加重以及人类活动的干扰,海三棱藨草种群不断遭到破坏。为了保护滨海湿地生态系统,对海三棱藨草种群进行恢复,我们使用微卫星分子标记,揭示了海三棱藨草14个种群的遗传多样性及空间遗传结构,为制定保护方案提供理论依据。本研究的主要结论如下：海三棱藨草种群全都经历过瓶颈效应,种群减小,加之繁殖策略调整及微生境异质性的共同影响,其遗传多样性水平不高,种群间的基因流维持着现有遗传多样性水平。空间自相关方法分析结果表明海三棱藨草种群内有显著的空间遗传结构,克隆影响范围为6 m。异质性检验发现分株水平与基株水平上的空间遗传遗传结构并无显著差异,说明海三棱藨草克隆性不强；且有性繁殖扩散方差远远大于克隆扩散方差,克隆生长在种群内受到限制,长距离扩散有赖于有性繁殖扩散。宏观尺度上,海三棱蔗草种群间存在显著的IBD格局,通过聚类分析发现14个种群明显聚为2个类群,类群内部基因流交流频繁。由于地理隔离,在不同水域系统之间形成很强的分化,而同一水域系统内部则由于潮汐、水流介导花粉或种子扩散形成强大基因流,使种群间遗传分化减小,扩大有效种群大小,增加种群的遗传变异。