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本实验调查了流沙湾海区养殖的华贵栉孔扇贝群体的体色多态性，利用AFLP技术对四种壳色和两种闭壳肌颜色的的华贵栉孔扇贝进行了遗传多样性分析，并试图找出与华贵栉孔扇贝闭壳肌颜色相关的特异分子标记，以期为华贵栉孔扇贝的繁育提供理论基础。主要工作和结果如下：1、对雷州半岛西部流沙湾养殖的华贵栉孔扇贝群体进行了体色多态性研究，以期为该贝的遗传改良提供体色选育方面的参考。结果显示：在调查的10个苗种来源不同、总抽样数量为5954个个体的养殖群体中，壳色可分为6类，按比例从高至底排列分别是橘黄色（62.31%）、枣褐色（14.51%）、紫白色（12.46%）、橘黄间紫色（6.43%）、紫顶枣褐色（3.46%）及黄顶紫黄色（0.82%）；6类壳色群体的闭壳肌颜色均存在白色和黄色两种，且白色比例均显著高于黄色（p<0.05），黄色闭壳肌在各壳色群体中的比例按高至低排列，分别是橘黄色（18.79%）、橘黄间紫色（14.10%）、黄顶紫黄色（10.20%）、枣褐色（5.09%）、紫白色（4.45%）及紫顶枣褐色（0.49%）；成熟华贵栉孔扇贝的生殖腺颜色分为黄色和乳白色两种，分别代表雌性和雄性，性比与闭壳肌颜色有关，黄色时♀：♂=63.06%：36.94%，白色时♀：♂=50.94%：49.06%。研究表明，华贵栉孔扇贝壳色以橘黄色为主（p<0.05），闭壳肌颜色以白色为主（p<0.05）；壳色与闭壳肌颜色存在一定的相关，带“黄”壳色个体黄色闭壳肌比例较高（p<0.05）；黄色闭壳肌群体雌性比例显著高于雄性（p<0.01）。2、利用筛选的10对AFLP选择性扩增引物对实验室选育的四种壳色的华贵栉孔扇贝家系的F1代群体（紫棕、棕色、枣白和橘黄色壳色）共120个个体（每个群体30个）进行了遗传多样性分析。10对AFLP引物在四个群体中共扩增出414个位点，其中有352个多态性位点，多态性比例为85.02％；紫棕、棕色、枣白、橘黄色壳色4个群体平均多态性位点比率（P）分别为72.83%、86.04%、83.47%、67.35%；平均Nei基因多样性指数（H）分别为0.3071、0.3494、0.3358、0.3077；平均Shannon指数（I）分别为0.4607、0.5139、0.4987、0.4525。4个群体间的平均遗传分化系数(Gst)为0.1739，遗传杂合度（Ht）为0.3954，遗传距离(Dxy)分别为紫棕-棕色0.1511，紫棕-枣白0.1720，紫棕-橘黄0.1675，棕色-枣白0.1194，棕色-橘黄0.1637，枣白-橘黄0.1255；聚类分析表明四个壳色选育系间的亲缘关系由近及远顺次为枣白壳色、棕色壳色、橘黄色壳色和紫棕壳色。研究表明四种壳色选育系均具有较高的遗传多样性，而且从分子水平上说明了这四种壳色家系的F1代间存在遗传差异，各壳色群体间有一定分化，可继续进行选育。研究结果为华贵栉孔扇贝四种壳色的定向选育提供了理论基础。3．利用筛选的6对AFLP选择性扩增引物对橘黄色壳色华贵栉孔扇贝的黄白肌色群体各30个个体进行了遗传多样性分析。6对AFLP引物在两个群体中共扩增出247个位点，其中有198个多态性位点，多态比例为80.16％；黄白肌群体平均多态性位点比率（P）为80.00%、82.38%；平均Nei基因多样性指数（H）为0.2677、0.2479；平均Shannon指数（I）为0.4135、0.3925。2个群体间的平均遗传分化系数(Gst)为0.0893，遗传距离(Dxy)为0.0705，总体的基因流系数Nm为5.0991，说明两个群体均具有较高的遗传多样性，但是两群体的遗传多样性无差异。4．利用64个AFLP引物组合，扫描了橘黄色壳色华贵栉孔扇贝的黄白肌色群体基因组DNA，其中有1个引物组合扩增出了1条闭壳肌颜色特异的DNA条带M1，将标记M1的条带挖下，进行再扩增回收克隆测序，获得其核苷酸序列。根据标记M1的核苷酸序列设计了一对PCR引物，但是未能成功转化为SCAR标记，结果未能找到与闭壳肌颜色相关的特异AFLP标记，但是积累了大量的AFLP分析数据，可为华贵栉孔扇贝黄色闭壳肌的进一步研究奠定基础。