自贸区的成立与发展,对我国进一步促进对外经济发展、加大改革开放力度具有十分重要的意义,与此同时,这也为我国知识产权海关保护工作以及海关知识产权保护制度的完善提出了新要求、新挑战与新契机。自贸区作为联系国内与国际贸易发展的重要枢纽,其中一个很重要的功能是推动国际中转业务发展,自贸区内的过境货物占比也将随着自贸区的深入发展而不断增多,有关过境货物的知识产权海关保护问题也会随之而来,变得越来越突出。但目前国内关于过境货物的知识产权海关保护的实践及成果仍处于空白阶段,为维护我国及自贸区的国际形象,避免沦为侵犯过境货物知识产权的“中转站”,本文试着在借鉴目前国内外关于完善过境货物边境执法措施研究成果的基础上,对我国自贸区过境货物知识产权海关保护进行研究与探索,并提出了有关完善建议。文章分析了目前我国自贸区过境货物知识产权海关保护的现状与当前面临的困境,主要的现状特点是:过境货物的占比不断增加,海关的监管更侧重于提供通关便利,这容易被不法分子“有机可乘”,关于知识产权方面的查获情况暂为空白;而当前的困境主要有海关执法权缺乏法律认可、侵权认定面临较多不明确因素与海关执法正当性遭到质疑。文章也参考了国际条约关于过境货物知识产权保护的规定和相关国家(地区)自贸区的经验做法,当前国际上的条约暂没有将过境货物知识产权海关保护作为强制性义务,但是随着国际社会对知识产权保护的重视,发达国家对知识产权保护的强趋势已慢慢影响着我国,如《反假冒贸易协议》(ACTA)和《跨太平洋伙伴协议》(TPP)都鼓励成员国对过境货物采取边境执法措施;同时在国际上关于过境货物知识产权保护的做法也不尽相同,美国、瑞士是明确宣布采取知识产权保护措施,欧盟、新加坡是有条件地采取知识产权保护措施,而中国香港、南非是明确不采取知识产权保护措施。在这几个国家中有一些做法是值得我国借鉴的。文章最后提出了推进自贸区过境货物边境执法的建议,首先是明确海关进行知识产权执法的正当性,海关的执法并不会阻碍贸易自由;其次完善相关法律法规,使海关执法于法有据,具体包括完善立法、明确以本国法律与目的国法律作为准据法、建议把假冒商标商品、盗版商品以及著作权作为我国自贸区知识产权保护的主要客体范围、确定过境国海关为侵权认定主体;最后是规定海关采取边境保护措施的条件与提出执法路径设计理念。