目的:本研究旨在了解新疆公立医院补偿的现状,找出其中存在的问题,提出完善经济补偿机制的相关经济政策,并为政府从宏观上调整、控制对医疗机构的财政补偿范围、补偿力度等相关方面工作提供一定的参考依据。方法:采用回顾性调查研究的方法,根据新疆地区的自身特点、地理分布、经济发展水平、卫生资源配置等情况,在全自治区范围内选取11所综合性公立医院,并收集2006～2008年的相关财务报表数据资料以及相关材料进行整理分析。通过对医院的基本情况采用统计描述的方法,分析其发展现况以及今后的发展趋势,运用统计学方法中的方差分析对不同层次公立医院补偿情况进行统计推断,比较不同层次医院的补偿情况。结果:医院财务中各个项目的收支情况基本一致,增长幅度稳定,自治区级、地州级、县市级医院在收支细项方面的构成存在差异。各级医院财政补助总额逐年增长,各级医院财政补助占总收入的比例存在差异,财政补助中显性部分与隐性部分大致相等约占总收入的5%～7%,公益事件支出占总支出的比例县市级医院相对较高;人员经费逐年增长且其中的各个细项所占比例在各级医院中存在差异,地州级医院人员支出负担较重,财政拨款中人员经费对自治区级医院人员性总支出影响较小;各级医院的保障性成本存在差异,其中县市级医院的保障性成本负担相对较重;三个级别医院的检查化验类收入呈逐年增高趋势,检查化验类收入所占比重只在住院收入中三个级别的医院没有差异,在医院总收入、门诊收入中有差异;三个级别医院的每门诊人次费用、每床日平均费用、出院者平均医疗费用逐年增长,药品费在这三项中所占比重存在差异;药品各项收支也呈逐年增长趋势,药品收入占总收入的比例、药品支出在总支出和业务支出中的构成有差异,其余药品方面的构成三个级别的医院没有差异,药品收支差占医院总收支差的36.92%;中药收支与西药收支之间差距悬殊,药品15%加成占总收入不到5%。结论:各级医院均稳步发展。综合各项指标增长情况,县市级医院发展较快。财政补助对级别较低医院的影响高于级别较高医院,财政拨款中人员经费明显不足,隐形补偿份额对医院总收入有一定得影响。药品费用的控制基本达到国家要求,中药份额约占西药的十分之一。