面对专利数量的陡然增长,进而引发的专利纠纷也迅速增加,传统手段已无法应对诉讼案件积压的现状。行政调解与诉讼、人民调解、仲裁等纠纷解决方式相比较有着专业、高效、权威的独特优势,在纠纷处理上扮演着重要的角色。但是囿于调解协议法律效力有限,缺乏强制执行力,使得该制度未能发挥出应有的效果。因此,为进一步发掘专利纠纷行政调解制度的潜力,提升专利保护中行政程序和司法程序的有效衔接,需要建立以法院审查为核心的专利纠纷行政调解协议司法确认制度。该制度价值在于,经法院确认后让仅具有契约性质的协议获得法律上的强制力。本文以专利纠纷中协议确认程序的性质和经确认后协议效力的认定为研究起点,以实际试点情况为样本,以域外地区的制度实施经验借鉴为参照,同时以法理分析为基础,展开了较为系统的研究。首先阐述制度的诞生和适用的必要性,同时明确认定行政调解司法确认属于非诉程序,且经过法院审查后该协议具备强制执行力,但不具有既判力,为后文研究展开奠定了基础。其次,通过文献分析和制度实际试点分析总结出该制度在理论探讨和程序设计上存在的一些空白和不足之处,包括:立法存在争议、司法确认范围模糊、司法审查边界不清晰以及司法确认错误后的救济制度缺失。再次,对一些域外地区如台湾地区、英国、韩国的相关制度实践进行了考察并总结对我国的制度建设启示。最后,回归实践和法理上的要求,提出完善该制度应坚持的保密、职权探知、效率等原则以及应对上述困境的建议措施,具体包括:在立法上,应当采取统一立法的方式对制度做出规定;对于确认范围,为了让司法确认制度更好地发挥其制度优势,法院司法确认的范围应当包括《专利法》第65条规定,以及排除权属纠纷后的《专利法实施细则》第85条所列的其他纠纷;法院在对协议进行司法审查时应当遵循适度审查原则,明晰各方主体权利边界,积极运用“负面清单”的方式消除不同程序间的衔接障碍;最后建立起一个多元化的司法确认救济渠道。