辣椒疫霉是一种重要的土传病原卵菌,可以侵染多种作物,在世界范围内广泛分布。本文以辣椒疫霉为主要研究对象,对中国辣椒疫霉的群体结构以及遗传变异进行较为系统的研究和分析,获得结果总结如下：1)对2007至2011年从甘肃24个采样点采集并分离获得的279株辣椒疫霉进行表型和基因型多样性分析。A1和A2交配型的菌株数量分别为153、126株,对甲霜灵敏感、中抗以及高抗的菌株数量分别为155、88和36株,其中只有三个采样点出现高抗菌株。2)采用世界蔬菜研究中心(AVRDC)提供的辣椒疫霉生理小种鉴别体系将来自我国甘肃省不同采样点的104株辣椒疫霉划分为5个生理小种,以小种3为优势种。来自新墨西哥州立大学的一套辣椒疫霉生理小种鉴别体系(NMRIL’s)对甘肃省不同地理来源的42株辣椒疫霉均表现为抗病性。SSR分子标记将来源于甘肃省的127株辣椒疫霉划分为59种基因型,其中42个基因型只出现一次,17个出现2-13次。相同基因型的菌株来自不同地区和年份,且具有不同的生理小种以及对甲霜灵不同的敏感性。127株辣椒疫霉被聚为3组,每组的菌株基本为相同交配型。推测甘肃省辣椒疫霉群体以无性生殖为主要方式,且克隆系内部表现丰富的表型多样性。3)将DNA粗提法、引物混合PCR预扩增程序与高分辨DNA溶解分析(High Resolution DNA Melting Analysis, HR-DMA)结合,有效检测了超过200个辣椒疫霉侵染组织和菌丝样本、86个致病疫霉样本以及8个菠菜霜霉侵染组织样本共172个SNP位点基因型。粗提法显著降低基因组DNA提取的时间和成本,PCR预扩增为单个样本提供足够多的模板,理论上可以满足10000个SNP位点的检测要求。该方法具有应用于所有生物SNP基因型检测的潜力。4)重测序18个来自世界不同地区的辣椒疫霉菌株,开发了新型的SNP分子标记。对20568个用于构建辣椒疫霉遗传图谱且符合简单孟德尔遗传规律的SNPs进行筛选,选取适用于HR-DMA检测要求的、位于基因上的、沉默的、在18个重测序菌株中杂合位点比例不低于22%的共437个SNPs作为候选标记,可用于世界各地辣椒疫霉群体遗传多样性的研究。5)使用45对核基因上的SNPs和2对线粒体上的SNPs对2006至2012年从我国27省136个采样点采集的共276株辣椒疫霉进行群体结构研究。结果显示,我国辣椒疫霉群体共95种基因型和2种主要线粒体型。群体结构在不同地区表现不同,在我国的北部以及海南省,辣椒疫霉群体以有性生殖为主要方式,其它地区则以无性生殖为主要方式,以4种克隆系长期广泛存在。克隆系内部存在丰富的基因型多样性,推测是由于杂合缺失(LOH)所致。直接对辣椒病组织进行SNP检测,证实杂合缺失现象不仅在室内离体条件下发生,在田间也真实存在。6)对辣椒疫霉游动孢子后代的表型和基因型进行分析。结果显示对精甲霜灵中等抗性的辣椒疫霉亲本,其游动孢子后代对精甲霜灵存在不同程度的敏感性变异；A2交配型的亲本,其游动孢子后代具有不同交配型(A1、A2和A1/A2),而A1交配型的亲本,其游动孢子后代则不会发生交配型的变化。基因型分析结果显示,辣椒疫霉和对照菌株致病疫霉的部分游动孢子后代均可出现一定程度的杂合缺失现象。进一步对杂合缺失位点进行分析,推测杂合缺失可能存在不同的机制。