丹参是治疗冠心病最常用的中药之一。随着丹参野生资源的减少，现在全国许多地区都开展丹参的引种栽培。近年来，常有临床医生反映，丹参药材质量低劣，临床疗效时好时坏。作为常异交植物，其类型丰富，导致丹参处于混杂状态，商品质量和产量极不稳定。因此有必要通过对丹参种质资源进行收集和评价，从而筛选寻找优良品种保证丹参药材质量的稳定性和优良性。在丹参种质资源调查的基础上，选用23个形态学性状对30个丹参品系进行了数量分类学的聚类分析。在遗传距离10.19处，把丹参种质划为6类，每个类型的形态特征明显。主成分分析表明，22个性状综合为8个主成分,其累积贡献率达77.239%。根据聚类及主成分分析结果可以得出，这些品系主要在叶片大小、叶色、叶形、叶柄长、复叶数、分枝数、株高、冠幅、花色、花序长和花轮数等方面有明显的区别，可以作为丹参分类的依据。对脂溶性和水溶性成分进行变异系数法确定各指标权重，根据药典规定标准及权重后综合得分，确定DS20，67，5，62，DS12，90为高品质优良品系。利用7条ISSR引物对30个品系及同属植物甘西鼠尾草和种内变型白花丹参进行聚类分析及遗传多样性的评价。共检测到95个多态性位点，平均每个引物组合13.6个多态性位点，多态性位点百分数为87.16%。聚类分析显示，在相似性系数为0.734处32份材料可划分为9个类群。白花丹参单独为一个类群，与其他种质的遗传距离最远。同属植物甘西鼠尾草与16大叶聚在一起，说明两者亲缘关系较近。包括鼠尾草的这一类与其他类的亲缘关系也较远。两个水平的聚类结果存在较大差异。