本文以高新技术企业为研究对象,首先构建了一个涵盖财务绩效、技术绩效和社会绩效三个层面的综合绩效评价指标体系。然后运用多元线性回归模型对2012-2017年的180家样本企业数据进行实证分析,从地区差异和产权性质两方面研究了政府补助、研发投入与企业绩效的关系。考虑到不同补助政策对研发投入和企业绩效的影响可能存在差异,本文通过财政补贴和税收优惠两项补助政策,分析比较两种补助途径对研发投入和企业绩效的作用效果。研究发现:第一,不同补助政策对高新技术企业绩效的作用效果不同,财政补贴对国有企业绩效的促进作用更强,税收优惠对非国有企业绩效的促进作用更强;第二,不同补助政策对研发投入和高新技术企业绩效的激励效果不同,财政补贴对企业绩效的激励效果更显著,税收优惠对研发投入的激励效果更显著;第三,不同地区高新技术企业研发投入对企业绩效的作用效果不同,科技创新水平较高的东部地区,税收优惠对研发投入和企业绩效的促进作用更显著;第四,研发投入在政府补助和高新技术企业绩效之间产生完全中介效应。最后,根据实证分析结果,对政府及高新技术企业分别提出政策建议。政府应对补助的发放和使用情况进行监督,系统披露企业研发信息,优化税收优惠政策。企业应当提升政府补助使用效率,合理规划研发活动,提供完善的人才培养机制。