三峡工程作为人类治理和开发长江的关键性骨干工程，水库蓄水以后库区水质如何变化一直成为国内外广泛关注的问题。尽管在三峡工程项目环境影响评价论证阶段，国内外专家已对三峡工程本身带来的环境问题进行了详细的调查、分析与研究。取得了丰富的研究成果，但是，由于受多种复杂因素的影响，迄今为止，有关三峡工程对未来库区水质状况的影响程度，尚没有一个十分明确及定量化的结论，因而库区未来水质问题依然是当前研究的一个热点课题。三峡135m蓄水至今，平稳运行已有三年多时间。在这三年的时间里，工程蓄水到底给受蓄水影响区域的水质带来什么样的变化?如果把第一阶段的蓄水看成第二阶段与第三阶段蓄水的预演，那么分析研究这个问题可为后期蓄水对库区水质的影响提供借鉴。本论文主要以长江流域水质水文监测单位长期的监测资料为基础，从135m蓄水前后水质参数变化趋势、泥沙变化与水质参数变化关系、蓄水前后库区水质类别变化及蓄水期间水质变化与蓄水对重庆下游河段支流水质影响几个方面展开分析。蓄水前后水质变化趋势分析显示：从1996年到2006年，长江重庆段整体水质呈下降变化；受蓄水影响区域整体水质较蓄水前短期内有所好转，其中粪大肠菌群、总磷、重金属铅水体浓度较蓄水前明显降低。从泥沙变化与污染物浓度变化关系分析显示：蓄水后，泥沙沉降超过原浓度一半；泥沙浓度与总磷、悬浮物、铅、铜中水体浓度具有高度显著相关性，相关系数达0.95以上。在证实粗粒径泥沙单位吸附量小于细粒径泥沙吸附量的同时也说明泥沙对以上几种污染物具有较强吸附能力。同时显示泥沙对总氮的吸附不明显。从水质类别分析，重庆段水质因粪大肠菌群及总氮长期超标，致使水体总体水质在Ⅴ到劣Ⅴ类之间。蓄水后，因粪大肠菌群有所下降，水质类别有所好转；但因总氮水体浓度随蓄水变化不明显，其浓度超标依然使水质类别在Ⅳ类到Ⅴ类间。在粪大肠菌群与总氮不参与评价的情况下，总磷与COD_Mn成为主要的超标项目，此两项目浓度均没有超过Ⅳ类水标准值的情况，且因蓄水泥沙沉降的影响，蓄水后水体浓度明显下降。因此蓄后，在粪大肠菌群与总氮不参与评价的情况下，水质类别基本保持在优于Ⅲ类水的情况。从蓄水期间监测情况看，蓄水后，干流叶绿素含量有上升的趋势，但支流叶绿素较蓄水前有所下降。总的来讲，蓄水后因泥沙的吸附沉降作用，水质类别有所好转。但长期看会加速支流水体的富营养化；干流因蓄水运行后，受蓄水影响区域叶绿素含量有上升趋势，有朝富营养化发展趋势。