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隐孢子虫(Cryptosporidium)和蓝氏贾第虫(Giardia lamblia)是两种重要的机会性人兽共患的肠道原虫,宿主范围广泛,可在全世界范围内流行,对人类健康造成威胁,也对动物的生产性能产生了不良影响。牦牛是青海省的优势种家畜,掌握该省牦牛Cryptosporidium和G.lamblia的流行情况,明确这两种原虫在牦牛的种群结构,可为牦牛隐孢子虫病和贾第虫病的防控提供参考数据。利用套式PCR技术对青海省牦牛Cryptosporidium和G.lamblia的流行情况进行调查,并对其种群结构进行分析,获得以下结果:1.对从青海省7个地区采集的1027份牦牛粪便样品进行Cryptosporidium 18S rRNA和HSP70基因的PCR扩增分析发现,牦牛Cryptosporidium总感染率为2.53%(26/1027),7个地区间及各季节间感染率总体差异均不显著。6月龄及其以内的犊牦牛和6月龄以上牦牛的Cryptosporidium感染率分别为6.25%和2.35%,两者之间差异不显著。种系发育分析结果表明,青海省存在瑞氏隐孢子虫(C.ryanae)和牛隐孢子虫(C.bovis)的感染,其中,C.ryanae是青海省感染牦牛的Cryptosporidium优势虫种。2.对从青海省7个地区采集的1027份牦牛粪便样品基于TPI基因进行蓝氏贾第虫(G.lamblia)感染情况的检测,结果发现总感染率为2.04%(21/1207),7个地区间及各季节间感染率差异均不显著,但6月龄及其以内的犊牦牛和6月龄以上的牦牛G.lamblia感染率之间差异显著,分别为8.33%和1.73%。序列比对结果发现有G.lamblia集聚体E(18/21)和集聚体A(3/21)存在。发现了1个G.lamblia集聚体A亚型A1和4个G.lamblia集聚体E亚型(E1~E4),其中E2~E4为首次鉴定的集聚体亚型。基于TPI、BG和GDH 3个基因的多位点序列分型结果显示,共有3份G.lamblia分离株在3个位点均扩增成功,构成3个不同的MLGs。其中2个集聚体E的MLGs在玉树州的牦牛发现,1个集聚体A的MLG在西宁市的牦牛中发现。