目的应用蛋白质组学方法，筛选与小儿神经母细胞瘤（NB）相关的差异表达蛋白质。方法收集2011年7月本院小儿外科经穿刺活检病理证实为Ⅳ期神经母细胞瘤的标本3例，以及化疗后术后切除肿瘤标本3例，患儿年龄1岁6个月-6岁3个月，平均年龄3岁2个月。对化疗前后神经母细胞瘤组织全蛋白进行二维凝胶电泳（2-DE），获取双向凝胶电泳图谱，通过图像分析软件对图谱进行分析比对后，从凝胶上切取差异表达的蛋白质斑点，经胶内酶解，应用超高效纳升液相色谱-电喷雾串联质谱（nanoUPLC-ESI–MS/MS）进行鉴定，并对鉴定蛋白质进行生物信息学分析。结果建立了组织化疗前后双向电泳图谱，应用图像分析软件共发现化疗后有7个差异表达明显的蛋白质斑点，其中有2个蛋白质表达上调，分别为Nm23蛋白和神经多肽h3；5个蛋白质表达下调，分别为癌蛋白18、热休克蛋白27，线粒体的烯酰脂辅酶A、过氧化物酶1和过氧化物酶3。结论应用2-DE和nano-UPLC-ESI-MS/MS成功地鉴定了小儿神经母细胞瘤化疗前后的差异表达蛋白.这些实验结果为深入研究神经母细胞瘤的发病机理、早期诊断和治疗提供有益的线索。