改革开放以来,中国处于城市化、工业化快速发展阶段。各地为了发展经济,盲目的竞相引资开发,一方面导致了建设用地规模扩大,土地利用粗放,耕地数量减少,威胁粮食安全；另一面造成了环境污染与生态破坏。为了规范空间开发秩序,促进区域间均衡发展,协调开发区和保护区的关系,我国于2010年正式颁布了《全国主体功能区规划》。主体功能区划根据开发强度的不同将我国划分为优化开发区、重点开发区、限制开发区和禁止开发区四种主体功能区,以协调国家的空间开发格局。土地作为重要的生产要素,在协调区域发展方面具有重要作用。因此,在主体功能区战略背景下探索不同主体功能定位的区域如何实行差异化的土地政策具有重要意义。本研究在广泛阅读主体功能区和土地开发与保护关系等相关文献的基础上,梳理了主体功能区与土地利用的关系。在已有研究的基础上,结合研究问题,本研究建立了基于开发区与保护区融合框架的区域空间发展均衡模型；然后采用系统动力学的方法构建区域土地政策差异响应模型,模型划分为主体功能区子系统、人口社会子系统,,经济发展子系统、建设用地子系统、耕地子系统五个子系统,梳理了各子系统之间的逻辑关系与因果关系,并对它们进行参数刻画。本文以浙江省遂昌县和宁波市镇海区为例,通过调节主体功能区政策集合因子的参数值进行不同的情景模拟。模拟结果表明在不同的政策力度下开发区与保护区人均GDP等观测指标有着显著的差异。研究发现系统动力学将人口、土地政策与财政转移支付有机结合,通过不同的土地政策来影响开发区对保护区的财政转移支付方式与支付力度,最终实现开发区与保护区区域发展均衡的目标。基于情景模拟分析后,本文从新增建设用地指标和耕地保有量指标为出发点进行了思考,并针对开发区与保护区的均衡发展提出了政策建议。