独立学院专指由普通本科高校按新机制、新模式举办的本科层次的二级学院。创办独立学院是加快我国高等教育事业发展,不断满足社会对高等教育需求的重大举措。认真研究独立学院法人治理制度及其内部运行机制,有助于更好地保障独立学院办学的公益性、发展的稳定性和自主性以及保障独立学院发展所需要的办学经费。完善的法人治理制度是现代大学制度的本质特征之一,对于提高独立学院的办学质量和水平,促进独立学院的健康发展有重要的理论意义和实践价值。目前,独立学院在办学过程中基本沿用传统高校的二级管理体制,并没有很好地贯彻《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》、《中华人民共和国民办教育促进法》、《中华人民共和国民办教育促进法实施条例》中所提出的“董事会领导下的校长负责制”这一要求。从法人治理的角度,在独立学院运行过程中存在的问题主要体现在产权和董事会制度两个方面。在现代大学制度的框架下,合理并且健全的独立学院法人治理制度应该是在明晰产权,建立规范的法人治理结构的基础上,建立科学高效的运行机制。独立学院内部要建立起完善的规范的董事会制度和校长负责制度,在申请者、合作者等利益相关者之间建立起学校运营与权力配置的合理机制,明确相互之间的责权利划分和权力制衡关系,并在校内建立以民主的治校机制、有效的激励机制、合理的矛盾协调机制、可操作的建设发展调控机制等为内容的法人治理内部运行机制,以保障独立学院规范平稳的运行。在健全独立学院法人治理制度及内部运行机制的同时,还需要注意三个方面问题:一是要根据学校法人的特殊性,确保独立学院法人治理结构在目标或价值取向、在运行体制上保持独立学院所特有的特点。二是要坚持办学公益性和市场化定位相统一,辨证地处理好办学过程中教育公益性与资本寻利性这对矛盾。三是要协调处理好学术权力与行政权力之间的关系,倡导“董事会领导、校长负责、专家治学”的内部管理方向。