人力资源和社会保障部于2011年9月发布的《人力资源和社会保障信息化建设十二五规划》中,对新农合信息系统的要求包括在新农合管理组织内“加快研究异地就医联网结算相关信息标准和协作机制,普遍完成省内异地就医结算系统建设,并建设跨省异地就医结算系统”；并且在社会保障系统内“逐步实现与新型农村合作医疗的应用衔接,推进医疗保障城乡统筹工作”。指出新农合信息系统发展的趋势是不断推进横向和纵向的整合。目前新农合信息系统的建设已经取得了很大的成绩,但仍存在区域建设不平衡、信息孤岛现象明显、建设进度滞后、与医院信息系统建设不同步等问题,并且在系统整合的过程中面临标准化障碍、周期长、成本高、复杂度高等挑战。本文运用医学信息和卫生事业管理学科的知识对卫生信息系统和新农合信息系统的整合进行研究,为新农合信息系统的整合提供理论上的评估工具和技术上的解决方案。主要研究工作包括以下几个方面：(1)分析新农合信息系统的发展趋势、建设现状和特点,分析新农合信息系统整合面临的挑战(2)分析回顾国内外卫生信息系统整合的相关研究和建设现状,深入分析信息系统互操作理论在卫生信息系统中的运用和信息系统整合的方案；(3)提出基于互操作层次的用于卫生信息系统整合状况评估的评估模型,提出基于互操作层次的信息系统整合模型作为指导系统整合实施的工具和途径。评估模型将卫生信息系统间的互操作水平划分为6个级别,为信息系统整合的现状评估和目标规划提供依据。整合模型通过连接层、句法层、语义层、事务层、流程层的划分依次对应信息系统互操作各个层次的异构问题,实现信息系统之间在语义上的一致性和工作业务流程上的交互性；(4)运用基于互操作层次的评估模型理论对新农合信息系统进行评估,分析新农合信息系统各方面的整合需求,提出基于抽象事务模块的业务流程再定义对于适应组织业务和外部环境的变化具有重大意义；(5)运用基于互操作层次的整合模型设计了新农合信息系统整合平台,描述了整合平台的总体设计和关键组件的技术设计,利用信息系统实例对整合平台后台与关键组件进行了测试,验证了流程级的互操作能力,初步展示了向全局级互操作水平趋近的能力。通过本文的研究,为推动新农合信息系统的整合提供理论指导和技术支持,达到促进新农合异地就医实时结报范围进一步扩大,促进新农合服务水平和监管水平进一步提高,促进新农合信息系统与其他卫生信息系统、医保信息系统对接的目的。