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朱鹮,是我国一级保护动物,被誉为东方宝石,与大熊猫、金丝猴、羚牛并称为中国四大国宝。在历史上,朱鹮曾广泛分布于亚洲的东部及东北部,直至19世纪末20世纪初,人类活动及湿地的干涸使其生境及食物资源遭到破坏,朱鹮种群数量骤减,至1981,野外朱鹮种群被认定为在世界范围内灭绝。然而,1981年5月在陕西洋县重新发现了7只朱鹮,目前国内外朱鹮所有的朱鹮种群都是由这7只发展而来。经过30余年的保护,目前朱鹮种群数量已经超过了2000只,野外种群的数量也已经突破1000只,这也使朱鹮从极度濒危变为了濒危。但是,朱鹮是经历过严重瓶颈效应的物种,数量极微的奠基者数量使得近交无可避免。本文以德清朱鹮圈养种群为研究对象,采用11个微卫星位点,结合MHC多座位连锁单倍型,对其遗传多样性和奠基者效应进行了评估,同时构建了德清朱鹮种群谱系,为制定科学的人工繁殖计划,提高朱鹮的疾病抵抗能力和环境适应能力奠定了基础。主要研究结果如下：(1)共10个多态的微卫星位点,每个位点的等位基因数(number of alleles,Na)介于2—3之间,平均等位基因数为2.300。10个微卫星位点的平均观察杂合度(observed heterozygosity,HO)为0.459,平均期望杂合度(expected heterozygosity, HE)为0.444。(2)10个多态微卫星位点的单个位点多态信息含量(polymophism information content, PIC)在0.2140.568之间,NN12和NN18两个位点的PIC值大于0.5,分别为0.568和0.563,为高度多态位点。其余位点均低于0.5,NN26的PIC值最低,为0.214。平均PIC为0.369,表明整个朱鹮种群多态性较低。(3)MHC经典区共检测到7个Ⅱ-Ⅰ类连锁单倍型,表明朱鹮的适应性免疫系统相比中性微卫星具有更高的多样性!同时,7个多位点连锁单倍型分别呈现2—8个Ⅱ类MHC位点(1—4个“αβ”单元),这种MHC位点数量不等现象说明朱鹮存在MHC缺陷的致死威胁,需要人工干预配对计划,以提高种群生存力。(4)10个徽y卫星位点的单个位点个体识别概率在0.221—0.521之间,累积个体识别率达到99.1%。在双亲遗传信息均未知的情况下,其累积亲权鉴定概率为68.4%,而当双亲中的任一个亲本的遗传信息已知时,累积亲子(父权或母权)鉴定概率可达90.1%。MHC经典区作为一个标记,个体识别率为58.1%,亲权鉴定概率为31.8%,亲子鉴定概率为49.8%。采用"MHC+SSR"组合型标记,亲权和亲子鉴定概率分别上升至78.5%和95.0%。因此,使用双重分子标记能够满足朱鹮亲子鉴定的精度需求。(5)对10个多态微卫星位点和MHC多位点连锁单倍型进行双重分型,完成了德清圈养种群的亲子鉴定。利用软件Pedigraph绘制谱系图,计算每个个体的近交系数,结果显示朱鹮德清种群没有近交情况的发生。但是,子一代相比奠基者种群,死亡子代组相比存活子代组,其缺陷型MHC多位点连锁单倍型都呈现上升趋势,进一步说明人工干预制定科学繁殖计划的重要性。(6)奠基种群和子代的Ⅱ-Ⅰ类MHC多位点连锁单倍型的Ho分别为0.773和0.694,HE分别为0.758和0.717。作者对缺失1/2/3个“αβ”单元的Ⅱ类MHC单倍型、9种Ⅱ类MHC基因型和13种Ⅱ-Ⅰ类MHC多位点长片段基因型在死亡子代组和存活子代组中的分布频数差异一一进行了卡方检验,三方面的结果一致性表明HT03/HT04显著性地分布在死亡子代组(P<0.05),即基因型HT03/HT04可能与胚胎和幼雏的死亡相关。(7)HT04缺失了3个“αβ”单元,是缺失最严重的缺陷型单倍型,而HT03缺失了2个“αβ”单元,是次缺陷型单倍型。本研究却发现子代死亡率与HT03/HT04杂合基因型而非HT04/HT04纯合基因型有关,这表明HT03所在染色体存在其他非“αβ”缺陷型的致死因素,且HT03/HT04的高死亡率是多因素综合作用所致。该结果说明,科学的人工繁殖计划应该避免HT03/HT04基因型的出现,并尽可能使缺陷型MHC单倍型处于杂合状态,以提高子代生存率。