自第一个使用鸟枪法成功地完成流感嗜血杆菌完整的基因组测序以来,基因组被完全测序的物种数量每年都在飞速增长。当两个非常相近物种的完整基因组可以获得的时候,首要的问题是如何比较和注释这些基因组。对此,传统的序列比对算法已不能胜任这一工作。因此,人们提出了许多新的用于比对基因组规模序列的方法。MUMmer是最重要的用于比对整基因组序列的系统之一,它所采用的基于锚的方法以及使用后缀树查找潜在锚的算法被越来越多的基因组规模比对程序所采用。因此,在本文的开始,首先对整基因组比对系统MUMmer的算法、整体结构和系统的演化进行了分析,这为系统的改进以及提出新的基于锚的基因组规模的序列比对方法提供了参考依据。由于可获得的计算资源的限制以及所要处理序列数据规模的日益增长,尽管后缀树的构造以及查找最大唯一匹配(MUM)算法的时间和空间复杂度都是线性的,但其空间花费依然是个很大的问题。鉴于此,本文决定使用加强的后缀数组来替代后缀树查找两基因组间的MUM。本文实现了两个基于加强的后缀数组查找MUM的算法,它们分别基于加强的后缀数组的性质和对后缀树的工作方式的模拟,与对应的基于后缀树的方法具有相同的时间复杂度,实验表明它们比相应的基于后缀树的方法有更大的空间节省。此外,在使用加强的后缀数组模拟后缀树的流匹配算法的过程中,提出了一个新的为后缀数组添加后缀链的线性算法,并证明了算法的正确性。