近年来，为了促进社会主义市场经济的发展，我国进行了全面而又深入的机构体制改革。财政部门也进行了相应的调整，利用部门预算、国库集中支付和政府采购等方法，促进财政支出管理体系的发展和完善，为政府资金作用的发挥创造更好的条件。这些政策措施的推行极大地改善了科研事业单位管理的外部环境，这也潜移默化的推进了科研事业单位实行全面预算管理。对事业单位而言，提高内部控制和管理的有效性的重要任务就是加强预算管理。因此，加强和改进事业单位的预算管理不仅十分重要，而且日益紧迫。　　科研事业单位实行预算管理意味着将所有一切纳入预算管理体系之中，全面整合单位的所有资源，实现单位实物、资金、信息和人力的高效配置，形成全面深入的管理。这样对于科研事业单位而言，不仅能够通过科学合理地对资金进行计划、安排、调整与监控，大大提高单位资金的使用效率，优化资源配置，减轻地方政府以及国家的财力供给压力，而且还能够实现公共财政的效益最大化，以更充足的资金从事科学研究工作，为国家、社会经济做出更大的贡献，提高对事业单位监督水平，保障经济稳健发展。　　本文在总结梳理预算管理的含义、特征、流程等相关理论的基础上，阐述了科研单位预算管理的特点以及作用，并进一步深入分析当前我国事业单位预算管理实施实践中的主要现实问题，然后以M研究设计院为实际案例，结合其实际情况提出了应用全面预算管理这一先进管理理念与方法，从预算的组织结构、编制、执行、监控和考评等几个主要环节提出具体实施步骤和方法，从而构建更加全面科学有效的预算管理体系。最后，提出了完善我国科研单位预算管理的对策建议，希望能够对全面预算管理在科研事业单位应用与发展起到一点借鉴作用。