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植物育种和种质资源的创新与利用离不开分子水平的遗传多样性研究。作为一种极度抗旱的禾本科牧草,无芒隐子草还兼具种子生活力高、营养价值好等优良特性,可以作为生态草、饲草和草坪草使用。然而,由于基因组数据的缺乏,目前对该物种的研究多集中在形态学和农艺学水平,分子水平的研究还相对滞后。长末端重复反转录转座子(long terminal repeat retrotransposon,LTR-RT)是植物基因组的重要组成部分,在功能基因组多样性和表型变异中起重要作用。LTR-RTs广泛分布于植物基因组中,这使其适于开发分子标记,用于种质鉴定、遗传多样性和系统发育分析以及辅助育种。近期完成的无芒隐子草全基因组测序为LTR-RTs的分析和分子标记的开发提供了基础。本研究基于全基因组数据,对无芒隐子草LTR-RTs进行了鉴定、分析,筛选了具有潜在活性的候选全长LTR-RTs,并且基于LTR-RTs数据开发了四种类型的分子标记,以期为无芒隐子草LTR-RTs数据的挖掘及分子标记辅助育种提供前期基础。主要研究结果如下:1.无芒隐子草全基因组水平鉴定了LTR-RTs。基于无芒隐子草全基因组数据,共鉴定出299,079个LTR-RTs,其中Gypsy超家族199,460个、Copia超家族81,865个、其余家族17,754个。LTR-RTs广泛分布在基因组中,富集在染色体远端区域,和基因分布呈负相关。比较了无芒隐子草和复活草、水稻、二穗短柄草、拟南芥的同源LTR-RTs,揭示不同物种间同源LTR-RTs数量和遗传距离呈负相关。此外,还筛选出具有潜在活性的全长LTR-RTs 845个,其中有410个属于Gypsy超家族,435个属于Copia超家族,Copia和Gypsy元件的平均比率为1.17。对这些序列进行了系统进化树的构建和插入时间的分析,Copia超家族成员包含Sire、Oryco、Retrofit、Tork四个进化支,Gypsy超家族成员包含Athila、Tat、Reina、CRM、Del/Tekay五个进化支,LTR-RTs的大量转座发生在4百万年内,全长LTR-RTs的插入时间较近,插入高峰期是1-1.5百万年间。2.无芒隐子草全基因组水平分析了LTR-RTs分子标记和其通用性。基于全基因组LTR-RTs数据,设计了350对引物,包括280对RBIP标记引物、54对IRAP标记引物、11对ISBP标记引物、5对REMAP标记引物。在23份隐子草属种质中进行多态性评价,筛选出80对多态性引物,共产生332个等位基因,每个基因座平均有4.2个等位基因。多态信息含量(polymorphic information content,PIC)在0.08-0.87之间,平均为0.49。进一步在5个禾本科和6个非禾本科物种中对99对新开发的引物进行通用性测试,共产生325个等位基因,平均通用率为42.70%,在水稻中的通用率最高。