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菊花（DendranthemaXgrandiflorum（Kamat）Kitam）起源于中国，是我国十大传统名花和世界四大鲜切花之一。菊花品种繁多，种下变异极为丰富，具有重要的经济价值。中国栽培菊花大约有3000个品种，具有悠久的栽培历史，株型、叶片、花色、花瓣（小花）形态等都有非常丰富的变化。如此众多的品种和变异式样给品种的分类、鉴定和品种权的保护带来极大困难。AFLP（扩增片断长度多态性）是一种新的DNA分子标记技术，具有丰富的多态性、较好的稳定性和较高的个体特异性，广泛应用于品种鉴定、遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位等方面。本试验在建立较稳定的菊花AFLP技术体系基础上，构建了26份菊花材料的图谱，分析了其遗传多样性，以期为菊花品种鉴定、亲缘关系分析、高密度遗传图谱构建、核心种质构建等奠定基础。本文采用改良常规CTAB法提取菊花基因组DNA。其提取液成份为：100mmol／LTris-HCL（pH 8.0），20mmol／LEDTA，1.4 mol／LNaCl，2％CTAB，2％PVP40，50 mmol／Lβ-巯基乙醇，粗提后的DNA经RNase除去RNA；苯酚／氯仿抽提一次，氯仿／异戊醇抽提一次，去除蛋白质，DNA降解少，无蛋白质和RNA，获得了高质量的扩增模板。在此基础上，得到清晰的菊花AFLP图谱，从而建立了最佳的菊花AFLP反应体系。利用AFLP分子标记技术研究26个菊花品种的遗传多样性，从64对引物中筛选出的7对AFLP选择性引物对菊花种质资源进行了AFLP分析，都得到了清晰的图谱，表明这些引物用于菊花AFLP分析是可行的。7个引物组合共扩增出389条带，其中多态性条带294条，多态性占75.54％，平均每个引物组合扩出多态性条带42.0条，每一个引物组合都可将26个品种完全分开。说明菊花存在丰富的遗传变异，遗传多样性水平很高。另一方面使用NTSYS2.0软件，通过UPGMA法对所得的多态性标记进行聚类分析，获得聚类树状图，其相似系数为0.61～0.85之间，结果表明26份菊花种质之间遗传关系相对来说比较近。依相似性系数0.75为界，将供试材料分成了五大类群。所得的试验结果与菊花传统分类法大体上相一致，其结果表明：AFLP技术是一种重复性高、多态性丰富、安全可靠的DNA指纹技术，可作为菊花分类的依据和基础。因此，AFLP技术在菊花品种分类和遗传多样性分析上的应用是可行的。