为更好地探讨在行政程序违法的情形下,人民法院该如何裁判,本研究运用了理论分析、案例收集与分析等方法,主要阐述了三个方面的内容：一是行政程序违法的相关理论及现行司法裁判方式评析；二是行政程序违法的种类对司法裁判的影响：三是改革和完善行政程序违法的司法裁判方式。研究发现的问题主要有：理论界和实务部门对行政程序违法的“法”还有不同认识；司法适用混乱,判决不一；行政瑕疵认定非常混乱；原告的诉求不能得到回应；新《行政诉讼法》仍然需要完善,有的规定还可能被滥用等等。通过研究,主要结论有：第一,行政程序违法的“法”的范围包括法律、法规、自治条例和单行条例、规章、正当程序原则和一般规范性文件。第二,对行政程序违法的种类进行研究,有助于更好地作出司法裁判。行政程序违法可分为抽象行政行为程序违法与具体行政行为程序违法、外部行政程序违法与内部行政程序违法、指导性行政程序违法与强制性行政程序违法、羁束行政程序违法与自由裁量行政程序违法等等。第三,旧《行政诉讼法》对行政程序违法的情形只规定撤销判决这一类型,不适应社会的发展,新《行政诉讼法》增加了确认违法判决,但仍然不能满足需要,应该增加确认无效判决、确认不成立判决等判决类型。第四,人民法院不宜再作行政程序瑕疵的认定。第五,最优完善方案是独立规定行政程序违法的司法裁判方式。