基因矿的构建与应用

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背景进入21世纪随着人类基因组计划的开展,越来越多的科学家开始投入到基因组学的研究之中,基因学家用了多种多样的方法去鉴定基因复杂的特性,这些方法的共同特点是研究团队必须每个基因逐一分析,反复的去收集基因素材,分析基因的特性。目前为止,基因学家已经发现了1000多个与疾病相关的SNPs。然而这些SNPs是如何对疾病产生影响尚不清楚,所以其临床意义并不显著,并且整个研究过程耗时长,花费高,为了避免这种昂贵的类似“炼乳”的过程,一个可替代的方法已经被提出:这就是建立一个基因参照群体—基因矿,基因矿是通过联合杂交法将8种不同的母系基因系之间的不断繁衍,产生了1000多种的高度保守的近亲杂交系。目的基因矿的优点是能将基因的多样性及图谱功能最大化。借助基因矿极其丰富的多样性和强大的图谱功能,我们可以快速发现目的基因,建立更好的疾病模型,发展新的疾病的治疗方法。本人课题是利用基因矿的上述优点来研究额颞叶痴呆(FTD),以及溃疡性肠炎(IBD)这两种疾病。方法1剪取分别含有8条母系链的老鼠鼠尾,通过苯酚和氯仿法提取鼠尾组织中的DNA,然后将这8种老鼠的鼠尾DNA通过基因芯片全基因组测序。得到这8个母系链老鼠的全基因组序列后,通过联合杂家法经过20多代的杂交繁育构建出基因矿2以神经细胞胞浆内的正常的C-tau蛋白作为检测对象,取Gapdh作为内参,将WT老鼠,FTD老鼠和FTD与含有3条保护链杂的母鼠杂交后的子代,这5组中的C-Tau蛋白进行比较,观察其是否存在差异。3取对照组和通过基因矿构建的溃疡性肠炎(IBD)的肠上皮细胞进行阿利新蓝PAS染色。观察两者杯状细胞的数目以及淋巴细胞浸润情况,统计两者的杯状细胞数目是否有差异。结果1将8条母系链随机交配,形成1680个独立F2代杂交群(G3代),统计这些8条母系链基因分别占G3代中基因含量的百分比,统计结果显示:N=3,p>0.05,3组数据并无明显差异,故G3代包含了8个母系链平等分配的基因资源。2 WT老鼠,FTD老鼠和FTD与含有3条保护链的母鼠杂交后的子代,这5组C-Tau蛋白进行比较,统计后发现FTD和FTD与含有3条保护链母鼠杂交后子代的3组C-tau蛋白含量之间存在着明显差异(n=3,p<0.05)。3观察和统计溃疡性肠炎模型(IBD)和正常肠上皮细胞中杯状细胞的数量,经过方差检验,n=3,P<0.05,证明IBD模型中的杯状细胞的数量明显少于正常上皮细胞的数目。结论基因矿的优点是能将基因的多样性及图谱功能最大化。借助基因矿极其丰富的多样性和强大的图谱功能,我们可以快速发现目的基因,建立更好的疾病模型,发展新的疾病的治疗方法。
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