大白菜早抽薹突变基因ebm4的定位及克隆

来源 :沈阳农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sqm_crscd
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大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)属于十字花科芸薹属,是中国传统的蔬菜,其栽培面积和产量在中国居各类蔬菜之首。抽薹是大白菜由营养生长向生殖生长转变的关键发育事件。先期抽薹会导致春季白菜或高山白菜严重减产甚至绝收。大白菜进化出复杂而精细的调控机制严格控制抽薹时间,但是该调控机制尚不明了。因此,创制早、晚抽薹突变体,挖掘调控大白菜抽薹的重要节点基因,无疑具有重要的理论意义和应用价值。1.以大白菜DH系(‘FT’)萌发种子为诱变材料,利用0.8%EMS处理12小时,然后流水处理12小时,最终获得528个M0诱变株系,其中有6个不同株系内出现早抽薹突变植株,经过M2和M3代连续鉴定,均表现为早抽薹,分别命名为ebm3、ebm4、ebm5、ebm6和ebm7、ebm8。2.相较于野生型‘FT’,大白菜早抽薹突变体ebm4在秋季不经过春化就可实现抽薹开花,没有明显的结球阶段。遗传分析表明,该突变性状是由单隐性核基因(ebm4)控制。3.采用改良的MutMap方法对ebm4进行了基因定位,26个突变位点SNP-index接近1,其中10个突变造成氨基酸变化,1个突变造成翻译提前终止。结合功能预测,初步确定候选基因为位于A02染色体上的BraA02g015090.3C,突变位点(7883329 bp)的碱基由C变成T,其拟南芥同源基因是AT5G52820,该基因属于WD-40重复蛋白家族,该基因家族成员在开花、光信号传递与感知、分生组织的形成、花发育、染色质修饰等方面有十分重要的作用。4.针对候选基因BraA02g015090.3C进行系统进化分析和基因结构分析,发现其与甘蓝型油菜的同源关系更近,共有12个外显子,氨基酸没有跨膜区域,且信号肽的剪切位点位于第29-30号氨基酸之间,亚细胞定位预测在细胞核上。5.对野生型与突变体的茎尖分生组织(SAM)进行转录组测序。经过比对分析发现9221个差异表达基因(阈值为0-0.05),通过GO和KEGG富集通路分析鉴定出112个显著富集的GO terms和9条显著富集的代谢通路,其中与抽薹开花相关的代谢通路有乙醛酸和二羧酸代谢、次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导和昼夜节律。最终挑选了9个差异表达基因进行qPT-PCR,进一步验证了转录组测序的结果。
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