HIV基因组具有高度变异的特征。随着全国范围内高发病期的到来，HIV感染人数急剧增加，HIV流行出现了众多型别，各省流行的HIV正由单一亚型向众多亚型和由个别地区向全国各地区传播。为了深入了解我市HIV流行的现状、分布特点及影响因素，建立系统的监测数据，我们从1999年-2000年、2001年-2003年分两次陆续开展了重庆市艾滋病分子流行病学调查。对HIV感染的危险人群进行了抽样筛检、调查，并以HIV编码外膜蛋白的env基因中高度易变的c2-v3区作为摸板，用巢式PCR方法对阳性样本进行了基因突变分析。 研究结果显示：1.前后两次调查中，感染者年龄分布相似，均为20-40岁之间的青壮年，男女性别比例差异不显著；注射吸毒在感染方式中的比重更加明显，已趋于主导地位，两次调查中，静注吸毒者所占比例有较大变化，(已由2年前的71％上升为95％，经X2检验，差异显著)。 2.对基因序列的分析可以看出，虽然感染途径均为静注吸毒，但第1次调查，主要流行的是C亚型，各样本间基因离散率较大，最多达到8.3；第2次调查中，主要流行亚型为B/C重组型，各亚型间基因离散率最多达到4.7，说明经过2年的时间，在吸毒人员身上携带的病毒已经发生了较大变化，变化形式除个别基因突变之外，还包括不同毒株间的重组；在吸毒人员中传播的毒株亚型趋单一集中。 3.性乱人群由于隐蔽较深，他们当中流行毒株的情况未能在本次调查中真实体现，但实际情况是这部分人的流行情况更复杂，毒株种类更多，是否存在B/C重组型毒株通过桥梁人群(吸毒人员中的性乱者)向性乱人群传播的可能还有待进一步调查研究。幸运的是两次流调未发现我市有大规模的因献血导致感染的病例，在献血员中流行的B亚型在我市只有零星发现。 开展艾滋病的分子流行病学调查，有助于建立完整的样品库、毒种库、血浆库和基因库等信息源，对传染病的控制具有重要意义。在疫苗设计、药物治疗方面也有深远影响。