胰腺癌中预后相关非编码RNA的筛选与LINC01060的功能及作用机制研究

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背景与目的:胰腺癌是消化道系统的高度恶性肿瘤,其治疗效果不佳,且缺乏有效的诊断与预后评估标志物。在本篇论文中,我们评估了长链非编码RNA和微小RNA在胰腺癌中作为预后标志物的潜在价值以及LINC01060在胰腺癌中的功能与机制。方法:在前两章,我们利用TCGA数据库中胰腺癌表达谱数据鉴定了胰腺癌中差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA,并通过竞争性内源RNA(ceRNA)与基因共表达理论筛选出了胰腺癌中可能发挥关键作用的lncRNA与miRNA;接着,我们通过COX风险比例回归模型确定了可用于胰腺癌预后评估标志物的lncRNA与miRNA。此外,我们还对模型中的非编码在胰腺癌中的功能进行了初步的分析与探讨。在第三章,我们通过体外与小鼠体内实验研究了LINC01060在胰腺癌中的功能与机制。结果:第一,我们基于胰腺癌与癌旁组织间差异表达的lncRNA,建立了由LINC00460、C9orf139和MIG600HG表达量确定的胰腺癌风险预后评估模型,并评估了该模型的预测效果。第二,我们基于胰腺癌与癌旁组织间差异表达的miRNA,建立了由中mi R-203、mi R-424、mi R-1266、mi R-1293和mi R-4772表达量确定的胰腺癌风险预后评估模型,并评估了该模型的预测效果。第三,我们发现LINC01060在胰腺癌中发挥抑癌基因的作用,其通过调节黏着斑周转抑制胰腺癌的恶性进展。结论:首先,我们发现长链非编码RNA中的LINC0046、C9orf139和MIG600HG可作为胰腺癌术后患者风险评估的潜在联合预测标志物。其次,我们发现微小RNA中的mi R-203、mi R-424、mi R-1266、mi R-1293和mi R-4772可作为胰腺癌术后患者风险评估的潜在联合预测标志物。最后,我们发现LINC01060通过调节Vinculin表达在抑制胰腺癌进展中发挥重要作用,LINC01060-Vinculin-黏着斑信号轴是胰腺癌治疗的潜在靶点。第一章胰腺癌中预后相关长链非编码RNA的筛选背景与目的:在本章中,我们通过分析基因表达谱数据研究了lncRNA用于胰腺癌预后风险评估的潜在价值。方法:首先,我们利用TCGA数据库中的转录组数据筛选了胰腺癌组织与癌旁组织间差异表达的mRNA、miRNA和lncRNA。随后,我们基于ceRNA理论利用mi RTar Base、mi RDB、mi Rcode和Target Scan数据库构建了一个lncRNA-miRNA-mRNA共同表达网络。最后,我们通过将网络中与胰腺癌病人总体生存相关的lncRNA纳入COX比例风险回归模型,建立了基于lncRNA的胰腺癌预后评估模型。此外,在本章中我们还对预后风险评估模型中的lncRNA在胰腺癌中可能发挥的功能和涉及的信号通路等进行了初步探讨。结果:第一,构建了一个由43个lncRNA节点,11个miRNA节点,253个mRNA节点和475个边缘组成的lncRNA-miRNA-mRNA网络。第二,生存分析结果表明存在于ceRNA网络的46个lncRNA中,HOTTIP、ABHD11-AS1、MIR205HG、LINC00460、MIR600HG和C9orf139与胰腺癌术后病人总体生存时间相关。第三,COX比例风险回归分析表明LINC00460、MIR600HG和C9orf139可用于构建胰腺癌预后风险评估模型,Kaplan-Meier生存曲线分析表明该模型中的高风险组的中位生存时间与五年生存率均显著高于低风险组。结论:本章的研究结果表明,由LINC0046、C9orf139和MIG600HG构成的胰腺癌预后评估模型可以有效地对胰腺癌术后病人进行风险分层。LINC0046、C9orf139和MIG600HG是胰腺癌术后患者风险评估的潜在联合预测标志物。第二章胰腺癌中预后相关微小RNA的筛选背景与目的:在本章中,我们通过分析基因表达谱数据研究了miRNA用于胰腺癌预后风险评估的潜在价值。方法:我们利用第一章中筛选出的胰腺癌中差异表达miRNA,通过单因素与多因素COX回归分析对这些差异表达的miRNA进行筛选并建立比例风险预测模型。接着,通过miRNA靶基因预测、GO分析、KEGG通路分析、蛋白与蛋白相互作用分析和基因共同表达分析,研究了模型中miRNA在胰腺中所参与的信号通路与功能。此外,我们使用定量PCR验证了风险预测模型中的miRNA在20例胰腺癌组织中的表达。结果:通过COX回归分析,我们发现mi R-203、mi R-424、mi R-1266、mi R-1293和mi R-4772可用于构建有效预测胰腺癌病人总体生存期的比例风险预测模型。利用该模型计算胰腺癌病人的风险值后,将胰腺癌术后病人依据风险值高低分为高风险组(n=88)和低风险组(n=89),两组的5年总体生存率分别为10.2%和47.8%。功能富集分析表明,参与模型构建的5个miRNA参与了PI3K-AKT、TGF-β和多能干细胞等信号传导途径。结论:本章的研究结果表明,由mi R-203、mi R-424、mi R-1266、mi R-1293和mi R-4772构成的胰腺癌预后评估模型可以有效地对胰腺癌术后病人进行风险分层。mi R-203、mi R-424、mi R-1266、mi R-1293和mi R-4772是胰腺癌术后患者风险评估的潜在联合预测标志物。第三章LINC01060在胰腺癌中的功能及作用机制研究背景与目的:长链非编码RNA的功能受到越来越多的关注,但其在胰腺癌中的作用仍有待进一步研究。本章首次研究了长链基因间非编码RNA01060在胰腺癌中的功能与机制。方法:首先,我们利用GEO数据分析了胰腺癌中差异表达的lncRNA,发现LINC01060在胰腺癌组织中的表达显著低于癌旁组织。随后,我们通过原位杂交实验在90例胰腺癌组织芯片中检测了LINC01060的表达情况,并分析了LINC01060的表达与胰腺癌临床病理特征之间的关系。此外,我们还通过体外和体内实验对LINC01060在胰腺癌中的功能与机制进行了进一步研究。结果:本研究发现LINC01060在胰腺癌组织中的表达较癌旁组织低,且其在不同胰腺癌病人中的低表达与预后不良显着相关。通过进一步的实验,我们发现LINC01060通过RNA水平调节Vinculin的表达,从而抑制胰腺癌的增殖和侵袭转移;Vinculin过表达可抑制LINC01060下调介导的FAK和Paxillin磷酸化的增加,从而逆转了LINC01060下调对黏着周转活性的调控。此外,Vinculin下调可通过上调ERK活性而促进胰腺癌细胞的增殖,抑制LINC01060上调介导的功能。结论:本研究发现,LINC01060通过调节Vinculin表达在抑制胰腺癌进展中具有重要作用,LINC01060-Vinculin-黏着斑信号轴是胰腺癌治疗的潜在靶点。第四章胰腺癌及非编码RNA研究进展加深对胰腺癌发生发展等方面的认识将有助于我们在改善胰腺癌预后方面取得进展。本章综述了近年来胰腺癌研究领域的重要进展,其中涉及发病因素、肿瘤微环境、诊断与预后的生物标志物、外科手术治疗、辅助与新辅助治疗和靶向治疗的研究进展。非编码RNA的发现让研究人员对疾病的认识产生了重要影响,现已成为生命科学研究领域最热门的话题之一。本章也综述了miRNA、lncRNA和其它非编码RNA的研究进展。
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