最近几年，许多生物制药公司为了能够获得可持续发展而选择上市融资。作为有利害关系的企业员工、股东、债权人、证券经纪人、管理高层都开始高度重视企业的基本信息面。鉴于此，本文注重研究我国生物制药上市公司的效率问题，并进一步分析它们的改进目标值，这对于深化我国生物制药业公司的改革、提升生物制药业公司效率和盈利能力都具有十分重要的理论意义和现实意义。首先，本文对生物制药业公司效率的内涵进行了定义，分析比较了测度生物制药业公司效率的非参数方法和参数方法，还给出了生物制药业公司效率测度的函数形式。又以2009～2011年全国67家生物制药业上市公司为样本，选取总资产、股东权益、主营业务成本为投入变量，净资产收益率、主营业务收入和每股收益为产出变量，利用数据包络分析DEA法对生物制药公司的技术效率、规模效率进行了实证研究。结果表明，从2009年至2011年，我国生物制药上市公司的技术效率和规模效率总体上均呈下降趋势，急需通过优化投入产出结构和公司规模来提高效率。其次，又利用随机前沿分析SFA法对我国生物制药上市公司的利润效率进行了实证研究。结果表明，我国生物制药上市公司的利润效率总体呈下降趋势。这主要与生物制药公司近年来过分追求企业规模，从而降低企业报酬率有关。此外，从地区的排名来看，东部沿海地区的生物制药上市公司的利润效率较高，可见生物制药上市公司的效率水平存在区域性特点。文章最后从技术效率、规模效率和政策等几个层面给出了提升我国生物制药上市公司效率的对策建议。