肛门闭锁（Anorectal Atresia;AA）是一种常见的新生仔猪先天性直肠末端发育缺陷,因胚胎期尾端发育异常,肛门没有形成,造成直肠在体表没有开口。猪肛门闭锁自然发生率高达0.1-1.0%,患病公仔猪通常在出生后1-3天内死亡,母仔猪在出生后一月内死亡50%,对养猪生产造成较大经济损失。另外,肛门闭锁在新生儿中发病率高达1/5000,因此,从分子水平探索肛门闭锁的致病基因及其发病机制具有十分重要的意义。本研究利用候选基因法和全基因组关联分析,筛选到位于Shh和Wnt信号通路的四个基因,并进一步对这四个基因在锁肛猪和正常猪中的遗传突变和转录水平进行研究,具体结果总结如下:（1）预测猪GLI2基因包含14个外显子,克隆得到开放阅读框（ORF）全长4656bp,预测编码1551aa。通过直接测序,共发现30个SNPs和一个9 bp的内含子缺失多态性。其中第8外显子446G＞A（365Met＞Ile）在锁肛猪和正常猪中基因频率与基因型频率并无显著差异;发现GLI2基因第4到第8外显子区域中存在很强的连锁不平衡现象,但是单倍型频率在锁肛猪和正常猪中无差异。（2）预测猪GLI3基因包含15个外显子,ORF全长5052bp,编码1683aa。直接测序发现该基因结构相对保守,只发现一个同义突变位点。（3）克隆得到猪FN1基因ORF全长的7437bp序列,鉴定了3个选择性剪切外显子,并通过直接测序发现21个编码区SNPs,其中第22外显子的148A＞G（1167Ile＞Val）和第27外显子的50G＞C（1435Glu-Asp）在锁肛猪和正常猪中基因型频率和基因频率均差异显著。体外启动子活性实验验证-156bp到-13bp是FN1基因核心启动子区域,-2801bp到-1013bp和-512bp到-325bp是两个负性调控区域,预测后者存在肠道特异性表达的核转录因子CDX2,但在PK-15细胞系中,删除CDX2结合位点后发现启动子活性无显著变化。（4）对LRP5基因结构进行了初步鉴定,获得了4.1kb部分ORF序列,并发现4个编码区SNPs,但由于ATG位置未知,所以暂不能判断其突变类型;鉴定了LRP5基因在猪直肠只有一个转录本。（5）在锁肛猪和正常猪直肠组织中对四个基因的转录水平进行了检测,QPCR结果显示GLI2和GLI3基因在锁肛猪和正常猪中表达量无显著差异;FN1基因表达在锁肛猪中极显著上调;LRP5基因及其下游β-catenin和GSK3β基因在锁肛猪和正常猪直肠组织中表达量均存在显著差异。本研究表明Wnt信号通路相关基因的异常表达可能导致猪肛门闭锁的发生,其具体机制还需进一步的验证。