任何司法诉讼活动都无法回避诉讼程序运行的问题。生态环境损害赔偿诉讼程序是诉讼目的与诉讼价值的重要体现。探索生态环境损害赔偿诉讼的程序运行,其核心在于理解政府的生态环境损害赔偿请求权的合理性,明晰损害赔偿诉讼的目的。总结当前的生态环境损害赔偿诉讼改革司法实践现状,我们可以发现生态环境损害赔偿诉讼案件总体上数量较少,在地区分布上比较集中于前期的试点地区,在具体诉讼中法院在案由的适用上较为模糊,案件整体的上诉率较低、判决率较高,裁判文书的性质多样等特征。具体到生态环境损害赔偿诉讼的程序运行,其中存在受案范围狭窄、门槛高,司法确认在磋商中的地位不明,案件在诉讼管辖上的不统一,及其与环境民事公益诉讼在司法衔接上的不畅等问题。为根本上维护生态环境、保障生态利益,将程序正义理念引入诉讼程序设计,围绕行政权与司法权的合理配置、程序正义与诉讼效率统一、成本与效益最优化三方面构建和完善诉讼程序的设计。在具体程序设计上进一步扩大政府提起诉讼的范围,把“司法确认”作为磋商协议的必经程序,统一案件的诉讼管辖,明确政府在提起诉讼时的举证责任,协调与环境民事公益诉讼的司法衔接,加强诉后裁判执行的监督,真正落实好生态环境的修复,推动构建体系化、规范化的生态环境损害救济制度。