改革开放以来随着我国市场经济的持续发展，民营企业在经济和社会中所起的作用日益显著，逐渐成为中国经济发展不可忽视的重要企业群体之一。民营企业己成为目前中国经济飞速发展最活跃的部分，然而从目前的情况来看我国民营上市公司整体的治理状况较非民营上市公司差，终极控股股东与中小股东之间的利益冲突较严重，其掠夺行为与动机更强烈。我国目前对中小股东的法律保护还很不完善，终极控股股东往往能够采取隐蔽而复杂的手段对上市公司实施“掏空”行为。因此，本文从理论和实践上对民营上市公司终极股权结构与公司绩效的关系进行了研究，并在两权分离的情况下，将不同的上市方式和不同的终极控制方式引入研究，详细分析其对公司绩效产生的影响，这对优化终极股权结构，提高公司经营业绩、促进企业健康持续发展和保护中小股东合法权益都具有重要的现实意义。本文选取2010-2012年上海和深圳两家交易所上市交易的民营公司作为研究对象，从终极控股股东与其他中小股东之间的利益分歧角度出发，实证分析了控制权、现金流权以及控制权与现金流权的偏离对民营上市公司绩效的影响，并在此基础上考察了民营上市公司不同的上市方式以及不同的终极控制方式对公司绩效的影响。通过多元线性回归分析我们发现：对于我国民营上市公司而言，终极控股股东的控制权比例与公司绩效呈显著的非线性关系，随着终极控股股东控制权比例的逐渐增大，民营上市公司的绩效呈现出先上升后下降的倒“U型”特征；终极控股股东的现金流权比例越大，民营上市公司的绩效越好，即现金流权与公司绩效呈现显著的正相关关系；两权分离系数与公司绩效呈现显著的负相关关系，即两权分离程度越大，企业的业绩和价值越低；本文更进一步地引入虚拟变量以区分直接上市公司与间接上市公司，金字塔终极控制方式与其他终极控制方式，并将其进行对比分析，结果表明：相对于直接上市公司而言，间接上市公司的两权偏离程度对企业业绩的负面影响程度更高，其终极控股股东对中小股东的利益侵害程度也相对更高；相对于其他终极控制方式而言，采用金字塔终极控制方式的上市公司会加强终极控股股东的两权分离对公司绩效的负面影响，在缺少投资者保护机制的情况下，金字塔终极控制方式为终极控股股东提供了获取控制权私有收益的便利通道，加大了其侵害中小股东利益的动机。在实证研究的基础上，本文针对研究结果从国家宏观政策和规范终极控股股东两个方面提出了相关的政策建议，这对于完善对民营企业的管理监督，保护中小股东合法权益具有重要的意义，同时本文末尾还指出了文章研究的局限性和下一步展开相关研究的方向。