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目的:结直肠癌是消化道常见的恶性肿瘤之一,其发生发展是多基因参与、多步骤、多阶段的复杂过程,其中DNA异常甲基化导致的抑癌基因的失活是人类恶性肿瘤发生的一种重要的表观遗传学机制。DNA甲基化是由DNA甲基转移酶(DNA methyltransferases,DNMTs)催化完成的,其中DNMT3A和DNMT3B具有从头甲基化(de novo methylation)活性。单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism,SNP)是指因单个核苷酸变异所引起的DNA序列的多态性,已成为第三代基因遗传标记,本研究旨在运用时间飞行质谱技术(MassARRAY)检测天津地区结直肠癌患者DNMT3A和DNMT3B基因多态性位点基因型和等位基因型的分布特征及连锁不平衡关系,并分析其单体型,探讨DNMT3A和DNMT3B基因单核苷酸多态性与结直肠癌的遗传易感的相关性。
方法:⑴单个SNP关联分析:采用MassARRAY方法分析正常组和疾病组在DNMT3A和DNMT3B基因位点基因型和等位基因的差异,寻找与结直肠癌相关的位点。⑵连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析:不同基因座位的某些等位基因非随机联合经常会在一起遗传。通过r2考察位点之间的连锁不平衡。⑶单体型分析:通过Pearson卡方检验考察这些整体遗传的单体型是否和疾病关联。
结果:①DNMT3A和DNMT3B基因10个SNPs中,病例组和对照组基因型之间均未发现明显差异。②DNMT3A基因位点在结直肠癌患者等位基因频率和对照组无明显差异。DNMT3B基因rs6119954和rs2424908在结直肠癌患者中的变异型等位基因频率(分别为G和T)显著高于对照组(分别为0.725 vs0.628,P=0.047和0.585 vs0.463,P=0.020)。③DNMT3A的4个位点之间不存在连锁不平衡关系,DNMT3B的6个位点两两直接存在强连锁(r2>0.8)。④发现DNMT3B基因中2个与结直肠癌发生密切相关的单体型TGTAGG和CATAGG,病例组中此单体型频率大于对照组(分别为P=0.0266,P=0.0264)。
结论:⑴在本研究中,未发现DNMT3A基因多态性与结直肠癌发生有关。⑵DNMT3B基因rs6119954和rs2424908位点多态性与结直肠癌间发生存在相关性。⑶DNMT3B基因位点相关的2个单体型或许可以作为结直肠癌发生的预测指标。