进入21世纪以来,提高自主创新能力已经上升到了国家战略的高度。工业企业在国民经济体系中占有重要地位,工业企业能否创新直接关系到国家创新体系的发展。2000年以来,工业企业的创新意识明显增强,创新投入快速增长,同时也取得了丰硕的创新产出成果。虽然创新成果显著,但是工业企业在在创新过程中还是表现出了一些创新能力不足的问题。在当前经济转型升级的大背景下,客观评价工业企业的自主创新能力,深入剖析影响工业企业自主创新能力的内部和外部因素,对提高企业自主创新能力、推动创新型国家的建设,具有十分重要的战略意义和现实意义。本文采用数据包络分析方法,以工业企业自主创新能力评价指标体系中的指标为投入和产出变量,对全国各地区工业企业自主创新的技术效率、纯技术效率和规模效率进行评价。结果显示,全国31个省份的平均技术效率、纯技术效率和规模效率分别为0.901、0.975和0.922,总体效率水平较高,但是规模效率水平低于纯技术效率水平。全国31个省份中,技术效率、纯技术效率和规模效率小于1的省份分别为13个、6个和13个,纯技术效率为1、规模效率小于1的省份有7个,说明规模无效率是导致技术无效率的主要原因。通过BCC模型对影响工业企业自主创新能力的内部因素进行分解,得到不同地区工业企业自主创新投入要素的冗余状况,以及创新的实际产出与有效产出之间的差值。分析发现,纯技术效率小于1的那些地区对研发机构和研发人员的利用率不高,高学历人才的作用没有得到充分发挥,有的地区虽然R&D经费投入水平并不高,但仍存在明显的浪费现象。实证结果如下:第一,政府的资金支持对工业企业自主创新能力有负面影响;第二,代表地区经济对外开放程度的进出口贸易总额占地区生产总值的比重对工业企业自主创新能力的影响显著为正;第三,代表地区产业结构特征的地区高技术产业产值在工业总产值中的比重对工业企业自主创新能力的影响显著为正。地区高技术产业的实力越强,技术水平越高,企业对创新的重视程度也越高,在创新方面的投入也越大,自主创新能力自然也相应提升;第四,代表劳动者素质的教育经费总额占地区生产总值的比重对工业企业自主创新能力的影响显著为负;第五,代表技术市场活跃度的技术市场交易额对工业企业自主创新能力的影响显著为负;第六,代表地区基础设施和有效需求的人均地区生产总值对工业企业自主创新能力的影响显著为负;第七,代表产学研合作情况的工业企业R&D经费外部支出占R&D经费总支出的比重对工业企业自主创新能力的影响显著为负;第八,代表外资技术溢出的外商直接投资与地区固定资产投资的比重对工业企业自主创新能力的影响为负。