本文运用委托—代理理论对2003年在上海、深圳证券交易所上市交易的26家新疆上市公司股权结构和公司价值进行了理论分析和实证检验,发现存在着控股股东通过种种“掏空”行为侵占中小股东利益的代理冲突问题。掏空行为有两种形式:第一,控股股东通过关联交易轻而易举地将资源从上市公司中转出,从而为自己谋利。比如以有利于控股股东的价格将资产出售给自己、超额行政补偿、贷款担保等等;第二,控股股东通过稀释收益、内幕交易、迫使中小股东出局等对中小股东歧视的财务手段可以不用转移任何资产便增加自己在公司的股份。本文把持股比例达到或超过30%的股东定义为控股股东,并分析新疆上市公司控股股东与中小股东之间的代理问题。实证检验结果发现,有控股股东存在的公司,其市场价值显著低于无控股股东存在的公司;控股股东的持股比例与公司价值呈现显著负相关关系,和控股股东占用上市公司资金状况呈正相关关系。本文将有控股股东存在的公司相对于无控股股东存在公司的市场价值折扣率定义为控股股东的代理成本。平均而言,新疆上市公司中控股股东的代理成本达17.42%,高于全国平均水平。以上实证检验结果表明,新疆上市公司控股股东与中小股东之间确实存在严重的代理问题,当政府作为上市公司的最终控股股东时,这种代理问题会更加严重。由于这种问题主要出现在法律约束相对薄弱的新兴市场或发展中国家,因此采取健全和完善法律法规的措施,来减少此类问题的发生,对维护健康的金融秩序和促进经济发展而言都是至关重要的环节。