病毒准种是指由于突变和相互竞争形成的核酸序列结构高度相似的病毒群体。重建出准种中不同单体型的基因结构对研究病毒准种多样性和流行病学的关系、研制更有效的治疗药物有重大意义。高通量测序技术的发展为病毒准种的研究提供了新的途径,病毒准种单体型重建是指利用病毒准种的高通量测序读段数据重建出该准种各病毒株的单体型序列。目前的高通量测序技术产生的读段数量较多,并且在测序过程中混杂着大量的测序错误,因此病毒准种单体型重建存在着巨大的挑战。针对这个问题,本文设计了一个病毒准种单体型重建优化算法。首先,该算法综合了多种读段筛选方法,对低质量读段进行了淘汰；然后,融合了基于泊松分布模型和基于汉明距离聚类方法对DNA读段进一步纠错；进而,采用基于多项分布全局重建模型对经过纠错处理后的读段进行病毒准种单体型重建；最后,采用聚类算法实现单体型频率的估算。大量实验结果表明,与QuasQ和QuRe算法比较,该算法在单体型重建数量、精确率、F-measure等指标上都表现得更好。已有病毒准种模拟数据生成方法中采用的碱基突变方式及突变分布模型单一,为了解决这一缺点,本文设计了一个病毒准种模拟测序生成器。该生成器基于病毒株突变位点分布模型和病毒株频率分配模型,调用ART模拟测序工具,生成模拟数据,更好地模拟了准种中各病毒株的基因突变和频率分布情况。本文同时设计了一个病毒准种模拟测序生成器的可视化界面,直观明了地显示了模拟数据特征,且模拟数据支持导出,易于保存,为后续的研究工作提供了极大的便利。