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玉米茎腐病作为目前我国多省份地区广泛发生的病害之一，严重地影响了玉米的产量和品质，挖掘新的抗病QTL位点对于实际育种工作有着重要作用。利用全基因组关联分析的方法可以快速高效地进行大数据的分析，检测更多有可能性的SNP位点，结合连锁群体多态性分子标记筛选，更加准确的定位到抗病的QTL位点。本研究利用来源更加广泛的热带材料，以期检测到新的玉米茎腐病相关的抗病位点。
利用maize50K芯片信息解析了200份以热带材料为主的玉米自交系的遗传多样性，并根据实际品系来源将其聚类成旅大红骨、塘四平头以及热带综合群三个亚群。通过连锁不平衡水平分析，当连锁不平衡系数R2下降到0.14时的衰减距离约为300kb。
2017-2018年间，在山东莱阳通过接种禾谷镰孢菌对200份自交系进行了两年的表型鉴定。利用FarmCPU和GAPIT两种软件进行全基因组关联分析，在p<10-4阈值范围内共检测到覆盖10条染色体的44个显著性SNP位点，其中4号、7号染色体上各5个，5、9、10号染色体上各6个。其中，位于4号染色体bins4.01/4.06上显著性标记PZE-104001186,PZE-104078833和PZE-104085433的p值分别为1.31E-04，9.69E-06，8.34E-05。位于5号染色体bins5.02/5.04上的显著性SNP标记PZE-105024195和PZE-105068194的p值为1.67E-07，8.59E-06。
以从200份自交系中鉴定出的抗病自交系DTMA233和感病自交系黄早四为基础构建F2连锁群体，并且通过接种禾谷镰孢菌鉴定各单株的田间发病情况。利用玉米基因组共555个SSR分子标记对其亲本及F2群体中的310个单株进行基因分型，共得到106个SSR标记在群体之间存在多态性。利用QTLIcimapping软件进行连锁群体的图谱构建和初步定位，在4号染色体上检测到LOD值为分别为4.45、7.76的QTL区段，两侧标记为bnlg1137和bnlg2291，遗传距离分别为11.0cM、16.0cM；在5号染色体上检测到LOD值为8.05的区段，两侧标记为phi024和umc1315，遗传距离为14.0cM。此结果与全基因组关联分析筛选得到的显著性SNP位点所在染色体相吻合，并且针对共同的QTL区段在300Kb范围内检测到NAC区域蛋白等候选基因，为后期玉米茎腐病抗病位点的精细定位及候选基因的克隆提供研究基础。
利用maize50K芯片信息解析了200份以热带材料为主的玉米自交系的遗传多样性，并根据实际品系来源将其聚类成旅大红骨、塘四平头以及热带综合群三个亚群。通过连锁不平衡水平分析，当连锁不平衡系数R2下降到0.14时的衰减距离约为300kb。
2017-2018年间，在山东莱阳通过接种禾谷镰孢菌对200份自交系进行了两年的表型鉴定。利用FarmCPU和GAPIT两种软件进行全基因组关联分析，在p<10-4阈值范围内共检测到覆盖10条染色体的44个显著性SNP位点，其中4号、7号染色体上各5个，5、9、10号染色体上各6个。其中，位于4号染色体bins4.01/4.06上显著性标记PZE-104001186,PZE-104078833和PZE-104085433的p值分别为1.31E-04，9.69E-06，8.34E-05。位于5号染色体bins5.02/5.04上的显著性SNP标记PZE-105024195和PZE-105068194的p值为1.67E-07，8.59E-06。
以从200份自交系中鉴定出的抗病自交系DTMA233和感病自交系黄早四为基础构建F2连锁群体，并且通过接种禾谷镰孢菌鉴定各单株的田间发病情况。利用玉米基因组共555个SSR分子标记对其亲本及F2群体中的310个单株进行基因分型，共得到106个SSR标记在群体之间存在多态性。利用QTLIcimapping软件进行连锁群体的图谱构建和初步定位，在4号染色体上检测到LOD值为分别为4.45、7.76的QTL区段，两侧标记为bnlg1137和bnlg2291，遗传距离分别为11.0cM、16.0cM；在5号染色体上检测到LOD值为8.05的区段，两侧标记为phi024和umc1315，遗传距离为14.0cM。此结果与全基因组关联分析筛选得到的显著性SNP位点所在染色体相吻合，并且针对共同的QTL区段在300Kb范围内检测到NAC区域蛋白等候选基因，为后期玉米茎腐病抗病位点的精细定位及候选基因的克隆提供研究基础。