秸秆还田是改善农田土壤理化特性,尤其是提高土壤碳储量的有效方法之一。微生物是农业生态系统中的重要组成部分,对维持耕地生态系统结构与功能具有重要意义。本文采用高通量测序技术,研究了不同施肥管理措施对黄土高原农耕地土壤理化性质、微生物群落及其功能特征的影响,并且探究了影响秸秆还田耕地碳储量的微生物学机制。实验包括:未施肥处理（UC）;秸秆还田（WS）;无机肥料（CF）;秸秆+无机肥料（WSCF）4个处理。主要取得了以下结果:（1）相比于其他处理,施加无机肥的处理对耕地水分、容重、速效磷、速效钾有显著（P＜0.05）影响,秸秆还田的处理对土壤有机碳有显著（P＜0.05）影响。（2）变形菌门（约40%）和子囊菌门（50%-80%）是土壤优势微生物类群,与细菌群落（P=0.127）相比,施肥管理对真菌群落（P=0.001）存在显著影响。速效钾（P＜0.05）和p H（P＜0.05）是细菌和真菌群落组成的主要驱动因子,变形菌门和子囊菌门与土壤有机碳储量呈显著正相关（P＜0.05）。秸秆还田能够提高（51.74%-52.86%）微生物类群之间的互利共生关系。（3）施肥管理对土壤微生物群落功能多样性具有显著（P＜0.05）影响。放线菌门和变形菌门对各项功能的贡献最大。各施肥管理显著差异功能酶为糖苷转移酶、碳水化合物结合模块以及多糖裂解酶（P＜0.05）。秸秆还田提高异化硝酸盐还原和同化硝酸盐还原过程的功能基因丰度,无机肥处理提高硝化、反硝化作用和固氮作用的功能基因丰度,施肥管理使碳固定功能基因丰度减少。（4）真菌群落直接且显著（P=0.04）影响农田碳储量,而细菌群落协助真菌群落产生间接影响。主要是细菌的丰富类群Alphaproteobacteria（12%-14%）和Gammaproteobacteria（18%-21%）协助真菌稀有类群Agaricostilbomycetes（0.11%-0.55%）和Wallemiomycetes（0%-0.06%）影响土壤碳储量。研究结果为黄土高原农耕地土壤微生物生态系统稳定提供科学依据,为我国旱地雨养农业土壤有机碳的提升提供可行研究思路。