本研究以新扬州鸡为试验素材，利用DNA指纹和SCAR技术对样品进行研究。DNA指纹技术中，以EAV（禽内源性反转录病毒片段）为探针，以EcoRI为限制性内切酶，进行DNA指纹检测，探讨DNA指纹图谱中长度为3.48kb的条带J对鸡群8周龄体重、10周龄体重、26周龄体重的影响。SCAR标记技术中，通过优化OPAY02随机引物的PCR反应，得到清晰的图谱，回收1660bp和2326bp的条带，进行克隆，测序，设计两对特异性引物，分别对新扬州鸡群基因组DNA进行扩增，然后结合两种SCAR标记与J带，利用广义线性模型，进行综合性分析。结果表明：DNA指纹J带同样在新扬州鸡群中存在，且对新扬州鸡8周龄体重、10周龄体重、26周龄体重均有显著影响；SCAR标记分析中，发现S₂标记对三个周龄体重影响均达到显著增效效应，而S₁标记也表现出一定的减效效应，但并不稳定，仅对26周龄体重存在显著效应，但结合其它标记，发现S₁标记效应明显；在标记组合效应中，得到S₂⁺S₁^-、J^-S₂⁺、J^-S₁^-及J^-S₂⁺S₁^-标记组合型对新扬州鸡群三个周龄体重影响均为显著，可作为遗传标记，并得到最佳组合J^-S₂⁺S₁^-；标记互作效应分析中，J带、S₁标记、S₂标记与性别两两可组合间均无显著互作效应。综合分析结果，可选择J带、s:标记、52+s，一（S。）、丁52+、J’s:.及J’52+5，一作为新扬州鸡的分子遗传标记，对鸡群进行早期选择。