暗色佛蝗线粒体基因组全序列的测定与分析

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暗色佛蝗(Phlaeoba tenebrosa)隶属于蝗总科(Acridoidea)、剑角蝗科(Acrididae)、佛蝗属(Phlaeoba),本研究利用PCR直接测序的方法测定了暗色佛蝗的线粒体基因组全序列,并与剑角蝗科其它3种蝗虫的线粒体基因组进行了比较分析。同时联合GenBank中所收录的其他7科共17条蝗总科昆虫线粒体基因,采用NJ法、ML法和Bayes法重建了蝗总科8科的系统发育关系。主要结论如下:1、本研究所测定的暗色佛蝗,其线粒体基因组全序列长度为15648bp。注释结果显示,暗色佛蝗线粒体全基因组编码37个基因,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及一段位于trnI和rrnS之间的A+T富含区。2、暗色佛蝗线粒体基因组基因存在明显的AT碱基含量偏向性,全基因组AT含量为73.8%;13个蛋白质编码基因AT含量为73.1%;2个rRNA基因的AT含量为74.8%;22个tRNA基因AT含量为72.3%。A+T富含区为线粒体基因组中AT含量最高的区域,其AT含量范围为82.6%,这一数值明显高于基因组平均水平和其他基因区域。3、暗色佛蝗线粒体基因组的组成结构非常紧凑,但也存在一定的间隔和重叠区域。暗色佛蝗线粒体基因之间总共有20个基因间隔区,全长140bp;5个基因重叠区,全长36bp。基因间隔在1-20bp之间,基因重叠在5-8bp之间。4、剑角蝗科4种昆虫线粒体基因组的最大间隔区均位于trnW-trnC和trnY-cox1之间,暗色佛蝗除这两段之间还有一段位于nad4-nad4l之间,暗色佛蝗和白纹佛蝗最大间隔区均位于trnK-atp8之间,而威廉剑角蝗和中华剑角蝗则位于trnS(UCN)-nad1之间。5、暗色佛蝗线粒体基因组AT含量为73.8%,白纹佛蝗为74.1%,威廉剑角蝗和中华剑角蝗均大于76%。暗色佛蝗和白纹佛蝗的蛋白质编码基因AT含量分别为73.1%和73.6%,威廉剑角蝗和中华剑角蝗均大于75%。暗色佛蝗和白纹佛蝗控制区的AT含量分别为82.3%和83.0%,而威廉剑角蝗和中华剑角蝗均大于87%。6、除中华剑角蝗cox1基因使用ACC为起始密码子外,4种蝗虫13个蛋白质编码基因均是以典型的ATN为起始密码子。4种蝗虫的atp8基因、atp6基因、cox3基因、nad4l基因、和nad6基因均使用TAA为终止密码子,cox2基因使用单碱基T为终止密码子,nad1基因使用TAG为终止密码子。7、基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因序列通过NJ法、ML法和Bayes法,重建了蝗总科8科17种蝗虫的系统发育关系。结果显示,蝗总科为一单系群;锥头蝗科和瘤锥蝗科互为姊妹群形成一个大支,并构成蝗总科整个系统发育树最基部的分支;癞蝗科单独构成一支,并位于第二大支的底部;斑腿蝗科、斑翅蝗科、剑角蝗科、网翅蝗科和槌角蝗科位于系统发育树的顶端,是蝗总科中较进化的类群,槌角蝗科和网翅蝗科互为姊妹群,而剑角蝗科并不是一个单系群。
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