骨肉瘤免疫微环境基因库中具有预后价值的基因研究

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目的:骨肉瘤目前主要治疗手段为化疗和手术治疗,没有突破性的改进,其5年生存率在过去的数十年中,没有得到显著的提高。骨肉瘤具有极其复杂的多基因组学异质性并且缺乏普遍适用的信号阻断靶点,越来越多研究者关注肿瘤免疫微环境与肿瘤治疗的关系。我们利用数据库的数据,结合计算机算法来寻找骨肉瘤免疫微环境基因库中具有预后价值的基因,为骨肉瘤免疫微环境相关治疗打下基础,以便针对这些基因开展进一步的探索。方法:在本研究中,我们采用TARGET数据库的骨肉瘤相关预后数据,通过ESTIMATE算法获得了每一个样本的免疫评分,从而进行样本免疫成分的定量。基于骨肉瘤免疫评分中位数,TARGET数据库中的骨肉瘤患者样本被分成两组,即相对的高免疫浸润组和低免疫浸润组。通过差异比较和临床数据统计学分析,两组之间差异性表达的并且有预后价值的基因被识别。同时对这些基因进行了功能富集和蛋白质互作网络分析。最后通过独立的GEO数据库对这些基因再次进行验证。结果:TARGET数据库中,45个基因被识别为免疫微环境中与预后相关的关键基因,这些基因主要涉及炎症反应,钙离子稳态调节,免疫反应,趋化因子信号途径和破骨细胞分化。结合GEO数据库,我们初步验证得到了八个目的基因:PLCB4,SPI1,C3AR1,GPSM3,CD53,HCK,GNA15和CD14。结论:最终,上述八个基因被初步验证为骨肉瘤免疫微环境预后相关的关键基因,这些基因很可能将来会成为新的有效的治疗靶点。
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