口蹄疫(FMD)是由口蹄疫病毒(FMDV)引起的主要侵害偶蹄动物的一种高度接触性人畜共患病,该病在全世界持续的流行对养殖业造成了巨大的经济损失。为了解近几年口蹄疫在广东省的流行情况,本研究对2013年-2014年广东省部分猪群的血清进行了口蹄疫抗体检测,结果表明:2013年口蹄疫抗体阳性率为81.61%(2662/3262,95%CI:80.23%-82.92%);2014年口蹄疫抗体阳性率为91.88%(2704/2943,95%CI:90.83%-92.84%)。近2年抗体检测发现口蹄疫抗体阳性率有所上升。为了了解近几年口蹄疫病毒VP1基因的遗传变异情况,将采集广东省散养或圈养猪17份疑似病料,经RT-PCR检测及VP1基因序列分析,结果表明这些样品均为O型口蹄疫。17个毒株与O/BY/CHA/2010株的同源性最高,同源率在94.2%~97.2%之间。对VP1基因的核苷酸序列遗传进化树进行分析,结果表明,这17个毒株与和当前广东最主要的流行O/BY/CHA/2010株,在ES-SA分支上,属耿马谱系。对VP1氨基酸位点变异性进行分析,结果表明,VP1基因的高突变区是在23位~27位、45位~58位、135位~145位、149位~159位。通过Z曲线理论对FMDV的研究,结果表明,每亚型病毒都有自己独有的Z曲线。通过对毒株Ka/Ks分子进化分析,结果表明:本实验分离的17毒株具有纯化选择作用。通过对FMDV密码子使用相对概率进行分析,结果表明:随着进化压力的选择,Gly、Arg、Ser最优密码子发生变化。通过对同义密码子不同位置GC含量相关性分析,结果表明,GC1与GC2、GC3、GC12、Gcall和ENC之间呈极显著相关性;GC2与Gcall极显著相关性,与GC3和GC12显著相关性,与ENC不相关;GC3与GC12、Gcall和ENC之间呈极显著相关性;ENC与GC12呈显著相关性。通过对ENC与GC3的相关性进行分析,结果表明:S-GDHZ-03-2014株仅受选择的影响;S-GDDW-2013株、S-HD-2012株、S-Yangdong-2013株、S-Bole-2012株、S-GDGZ-12-2014仅受突变的影响。通过对FMDV VP1进行研究为我们预测病毒遗传进化提供帮助,同时也对FMD的流行病学研究、疫源的追踪、毒株型和亚型的分析,为合理的选择疫苗,为诊断抗原的制备及新型疫苗的研制提供理论指导。