水是生命之源，水源保护区作为水资源的产出地，为水资源的稳定供给提供了重要保障。然而，当前我国水源保护区却存在种种问题。究其原因，是因为水源保护区在水资源保护方面的贡献没有获得补偿。 据此，论文选择水源保护区生态补偿为研究对象，从国内外研究进展、理论基础、方法体系及实证等方面开展工作，以期初步建立我国水源保护区生态补偿的机制框架。论文主要包括以下几方面的内容： (1)系统分析了国内外水源保护区生态补偿的研究和实施现状、存在问题及发展趋势；阐述生态补偿的概念和类型，以及实施水源保护区生态补偿的意义。 (2)深入论述并构建了水源保护区生态补偿的基本理论体系。可持续发展理论、水资源的价值理论、水资源的准公共物品性、水资源利用的外部性以及水资源的产权理论等，构成了水源保护区生态补偿的理论基础体系。 (3)论文建立了水源保护区生态补偿机制框架，提出补偿机制框架由补偿目标、补偿原则、补偿主体、补偿对象、补偿措施、补偿标准、监督保障以及实施程序组成。 (4)论文提出对水源保护区的生态补偿应包括对水源保护林的生态效益进行补偿和对保护区由于保护水资源而造成的经济损失进行补偿两方面，并分别给出了两种计算方法。可用多准则群体决策模型对补偿标准的计算方案进行选择。 (5)以论文构建的水源保护区生态补偿的机制框架和方法体系为基础，对云南松华坝水源区进行了实证研究。研究结果确定了松华坝水源区的生态补偿标准、补偿资金来源、补偿实施流程、监督保障机制、可能存在的问题和对策。 研究表明，论文所构建的水源保护区生态补偿机制具有较强的科学性、可行性和可操作性。该机制的提出和运用为水源保护区的生态补偿工作、为其它领域补偿的相关研究提供了有益和有效的借鉴。