重庆市高毒力碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌分子流行病学及耐药机制研究

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目的:目前国内对高毒力碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(Hyper virulent carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae,hv-CRKP)的分子流行病学和耐药机制报道较少。根据课题组现有研究基础我们对重庆市hv-CRKP分子流行病学及主要耐药机制进行初步探索,旨在为本地区治疗hv-CRKP感染提供理论依据。同时评价mCIM联合eCIM对碳青霉烯酶的筛选能力,为其临床应用提供依据。方法:1、收集2015年9月-2017年9月重庆市20家区县医院分离的碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(Carbapenem resistant klebsiella pneumoniae,CR-KPN)218株。采用微量肉汤稀释法复核对碳青霉烯类抗生素的耐药性;拉丝实验(String test,ST)筛选高毒力菌株;采用脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)对hv-CRKP进行同源性分析;利用PCR技术和微量肉汤稀释法对常见耐药机制如产酶基因、膜孔蛋白缺失及外排泵机制等进行检测,同时进行荚膜分型、毒力基因检测及血清杀伤试验以探讨其毒力情况。2、收集2015年1月-2016年12月重庆市16家区县医院分离的耐碳青霉烯肠杆菌科细菌(Carbapenem resistant enterobacteriaceae,CRE)85株,碳青霉烯敏感肠杆菌科细菌(Carbapenem susceptible enterobacteriaceae,CSE)51株。采用PCR技术获得85株CRE和51株CSE携带碳青霉烯酶基因情况,用改良碳青霉烯灭活试验(Modified carbapenem inactivation method,mCIM)联合EDTA碳青霉烯灭活试验(EDTA carbapenem inactivation method,eCIM)对碳青霉烯酶表型和分类进行判断。以PCR检测结果为金标准,对mCIM联合eCIM检测碳青霉烯酶表型和分类的性能进行应用评价。结果:1、218株碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类抗生素呈现高水平耐药,耐药率分别为厄他培南100%、亚胺培南96.8%、美罗培南95.9%,MIC50分别为厄他培南256?g/mL,亚胺培南128?g/mL,美罗培南64?g/mL。2、拉丝实验筛选出hv-CRKP6株,占比2.8%,以ST11(3/6)和ST592(2/6)两种型别为主,PFGE分型显示2株hv-CRKP同源。碳青霉烯耐药机制以产碳青霉烯酶和超广谱β内酰胺酶(extended spectrum beta-lactamases,ESBLs)为主(6/6),未发现ompk35/ompk36膜孔蛋白缺失及外排泵过表达。对6株hv-CRKP进行荚膜分型发现K57血清型2株,未发现K1、K2、K5、K20及K54血清型。6株hv-CRKP毒力基因分布如下:铁载体(肠杆菌素entB、耶尔森菌素Irp-1/Irp-2)及粘附因子(Ⅰ型菌毛粘附基因fimH-1、Ⅲ型菌毛粘附基因mrkD、kpn、编码外膜蛋白脂多糖ycfM)均阳性(6/6);与高粘性相关的基因(magA、rmpA)及重要铁载体气杆菌素Acrobactin等均有不同比例携带。血清杀伤试验结果显示4株hv-CRKP存在血清抗性。3、85株碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌中79株检出碳青霉烯酶基因,共表达A类和B类碳青霉烯酶基因8株,占比10.13%(8/79),碳青霉烯酶表型筛选试验mCIM阳性78株,eCIM阳性44株。51株碳青霉烯敏感菌株未检测到碳青霉烯耐药基因且mCIM均为阴性。mCIM筛选肠杆菌科细菌碳青霉烯酶的灵敏度为98.7%(95%CI,92.299.9),特异性为100%(95%CI,92.1100),Kappa值为0.985;eCIM筛选金属酶灵敏度为85.7%(95%CI,72.193.6),特异性为94.4%(95%CI,80.099.0),Kappa值为0.787;eCIM筛选丝氨酸酶灵敏度为89.5%(95%CI,74.396.6),特异性为100%(95%CI,90.6100),Kappa值为0.904。结论:1、重庆市CR-KPN对碳青霉烯类抗生素呈现高水平耐药,碳青霉烯类抗生素MIC50较其他地区高。2、重庆市CR-KPN中存在hv-CRKP流行,以ST11型别流行为主,未发现跨区县的聚集或暴发流行菌株;未发现除产酶外的其他耐药机制;毒力基因以携带铁载体相关基因和粘附因子相关基因为主,且大部分菌株有血清抗性。3、mCIM联合eCIM检测可有效筛选产碳青霉烯酶菌株,但随着共表达A类和B类碳青霉烯酶菌株的分离率增加会降低对金属酶筛选的灵敏度。
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