“十二五”时期是我国推进产业结构优化升级、加快转变经济发展方式的关键时期。当前,我国产业结构面临的问题集中表现在三次产业结构不合理，产业结构实际高度化不足，现代服务业发展滞后等方面。税收政策通过基本税收制度手段和税式支出手段为不同的产业设置差别税负，作用于供给、需求、技术、国际贸易和国际投资等因素，从而对产业结构优化发挥重要作用。从我国税制体系中的主要税种出发，分析我国税收政策对产业结构优化的影响，为促进产业结构优化提供税收政策支持是本文关注的主题。首先，在理论分析的基础上，选取合理指标度量产业结构合理化和高度化，分别建立流转税、所得税与产业结构合理化和高度化的计量模型，进行协整检验分析、格兰杰因果检验和脉冲响应分析。进一步地，构造企业利润函数，采用微分方法考察营业税和增值税两大流转税种的税率变化对企业利润的不同影响，并定量分析了营业税改征增值税试点方案对产业结构优化的效果。研究结果显示：流转税对产业结构合理化和高度化的负向影响更大，我国流转税比重偏高，长期来看不利于产业结构的合理化和高度化，但是迅速降低流转税比重，短期内会抑制产业结构的合理化；企业对营业税率的变化要比增值税率敏感，营业税改征增值税试点方案的实施有利于金融保险业和现代服务业的发展，但对于交通运输业和建筑业，如果抵扣比例不够73%，实际税负还会加重。最后，提出了促进我国产业结构优化的税收政策建议，应逐步降低流转税的比重，提高所得税的比重，并明确企业所得税的产业导向，继续推进增值税扩围改革，完善营业税制。