细胞中存在着许多功能蛋白，这些蛋白结合在基因上并作用于这些基因。准确地识别出这些蛋白的结合位点是生命科学中的一个研究重点和难点。ChIP-Seq技术（染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法）在这个领域的研究中已经非常成熟，但该技术同时存在不足之处，第一，是富集目的蛋白的结合酶具有特异性，从而导致某些蛋白因找不到合适的特异性结合酶而无法进行检测；其次，一次实验只能检测一种蛋白，耗时耗力，成本高，无法大规模使用；第三，更为重要的是，由于实验获取的与目的蛋白结合的DNA片段较长，测序时只能对其两端进行部分测序，由于测序区域并不是结合位点本身，因此，尽管测序数据的分辨率可达到单碱基，但目的蛋白结合位点的定位分辨率最高也只能做到几十碱基。为了弥补ChIP-Seq技术的缺陷，我们采用了一种新的DNA蛋白结合位点检测技术，即DNase-Seq技术。　　DNase-Seq技术较ChIP-Seq技术存在着很大的优势，第一，DNase-Seq不具有蛋白特异性，可以一次性在全基因组范围内对所有DNA蛋白的结合位点进行检测，大幅提高了检测效率并降低了检测成本，使大规模地进行DNA蛋白结合位点检测成为可能；第二，更为重要的是，由于DNase-Seq的测序起始位置就是酶切位置，因此，DNase-Seq对DNA蛋白结合位点的检测分辨率可以达到单碱基。　　在研究中，我们首先利用ChIP-Seq高通测序数据，借助GEM分析工具，得出确定的蛋白结合位点，其次提取这些结合位点处的碱基序列和DNase-Seq测序数据作为训练数据，训练我们设计的蛋白结合位点预测模型，最后，用训练好的模型在基因组范围内的一些开放区域去搜索，预测蛋白的结合位点。　　实验结果表明，我们的数据预处理方法有效地凸显了DNA蛋白结合位点的识别信息，达到了预处理的目的；我们设计的蛋白预测模型很好地结合了蛋白结合序列的倾向性信息和DNase-Seq信息，在蛋白结合位点预测的试验中可以准确地找到蛋白的结合位点，证明了我们的方法的有效性。