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槲栎(QuercusalienaBlume)是我国亚热带和温带森林的主要山地树种之一,具有重要的生态和经济价值,然而对其群体遗传学和谱系地理学方面的研究相对缺乏。为了揭示该物种的谱系地理结构及其在进化过程中的群体动态,遗传多样性,遗传结构以及与山地生境的联系,本研究选取3个叶绿体DNA(cpDNA)片段(ycf1、rps16-trnQ、psbA-trnH)对槲栎的52个居群共500个个体进行谱系地理学研究;以叶绿体DNA的研究结果为基础,在以上52个居群中挑选23个居群461个个体使用筛选出的10个微卫星标记对其进行群体遗传学方面的研究。取得的主要结果如下:3个叶绿体DNA片段的联合共发现33个单倍型,其中H3为古老单倍型,在大部分居群中均有存在。槲栎在物种水平上有着较高的单倍型多样性(Hd=0.897)和核苷酸多态性(π=0.00206);接着对槲栎居群进行分子变异方差分析(AMOVA),得到的结果表明叶绿体DNA的遗传变异主要存在于居群间(84.33%),且遗传分化程度较高(FST=0.8433),没有明显的谱系地理结构(NST>GST,P>0.05)。Mantel检验结果也显示其遗传距离和地理距离没有显著的相关性(r=0.0353,p>0.05)。单倍型网络图分析和地理分布图得出的结果显示横断山区、秦巴山区附近的居群拥有古老单倍型和特有单倍型,此外位于这些山区的居群单倍型多样性也比较高,推测横断山、秦岭和巴山是槲栎潜在的冰期避难所。失配分析和物种分布区模拟(SDM)均显示槲栎在进化历史上发生过群体的扩张,且扩张发生在冰期后。末次冰期后,槲栎可能沿着山脉分别形成了向东和向东北方向的2条扩张路线。SSR标记研究结果显示,槲栎在物种水平上的遗传多样性水平较高,平均的有效等位基因数Ne为2.744,Shannon多样性指数I为1.077,期望杂合度He是0.575,观测杂合度Ho是0.290,总多态位点百分率PPL是95.22%,不同居群的遗传多样性存在差异;分子方差变异分析(AMOVA)揭示在槲栎的居群内部存在着更多的遗传变异(82.66%),居群间的变异则较小(17.34%);基于贝叶斯的聚类分析(STRUCTURE)将槲栎居群分成了 2组;F统计也显示群体间遗传分化较小(FST=0.022);Mantel检验揭示遗传距离和地理距离间没有显著相关性(r=0.125,p>0.05);BOTTLENECK分析显示一些居群经历过瓶颈效应,BARRIER检验可看出位于横断山、大别山和龙虎山附近的居群间存在基因障碍;EDENetwork分析则表明我国中部居群间存在频繁的基因交流;居群间遗传多样性分布和多样性指分析也表明位于横断山区、秦巴山区的居群遗传多样性较高,可以认为是物种在冰期的避难所。冰期过后,槲栎从避难所向周围扩张,以寻找更适合其生存的环境。